chuka_lis

Disturbed respiratory viral ecology by COVID-19 pandemic reveals the pivotal role of Influenza in virus-virus interaction network( Read more... )

SARS-CoV-2 neutralizing antibody specificities differ dramatically between recently infected infants and immune-imprinted individuals
Иммунный ответ  (его сила и спектр) на родственную инфекцию порой формируется предыдущими воздействиями родственных штаммов патогена, явление, известное как импринтинг.
Для SARS-CoV-2 значительная часть популяции столкнулась ( Read more... )

Вышла статья,  в которой исследователи проанализировали состояние здоровья и марекры иммунитета у  16 волонтеров, которых заражали коронавирусом:, до, во время  и после болезни.  То что время заражения было четко известно, помогло  отследить временные рамки развития инфекции и имумнного ответа (начиная от неспецифического интерферонового  до позднего специфичсеокого ответа, с  участием Б- лимфоуитов).( Read more... )

Longitudinal home self-collection of capillary blood using homeRNA correlates interferon and innate viral defense pathways with SARS-CoV-2 viral clearance
Blood transcriptional profiling is a powerful tool to evaluate immune responses to infection; however, blood collection via traditional phlebotomy remains a barrier to precise characterization of the immune response in dynamic infections (e.g., respiratory viruses). Here we present an at-home self-collection methodology, homeRNA, to study the host transcriptional response during acute SARS-CoV-2 infections. This method uniquely enables high frequency measurement of the host immune kinetics in non-hospitalized adults during the acute and most dynamic stage of their infection. COVID-19+ and healthy participants self-collected blood every other day for two weeks with daily nasal swabs and symptom surveys to track viral load kinetics and symptom burden, respectively. While healthy uninfected participants showed remarkably stable immune kinetics with no significant dynamic genes, COVID-19+ participants, on the contrary, depicted a robust response with over 418 dynamic genes associated with interferon and innate viral defense pathways. When stratified by vaccination status, we detected distinct response signatures between unvaccinated and breakthrough (vaccinated) infection subgroups; unvaccinated individuals portrayed a response repertoire characterized by higher innate antiviral responses, interferon signaling, and cytotoxic lymphocyte responses while breakthrough infections portrayed lower levels of interferon signaling and enhanced early cell-mediated response. Leveraging cross-platform longitudinal sampling (nasal swabs and blood), we observed that IFI27, a key viral response gene, tracked closely with SARS-CoV-2 viral clearance in individual participants. Taken together, these results demonstrate that at-home sampling can capture key host antiviral responses and facilitate frequent longitudinal sampling to detect transient host immune kinetics during dynamic immune states.

Ученые из Стенфорда приходят к выводу, что за тяжелый ковид (ТОРС), могут быть ответственны активированные макрофаги брюшной полости.  С началом инфекции в легких они прибегают "спасать", но в результате, в них оказывается слишком много  вирусного материала (возможно и заражение, включая и не через АСЕ2 рецепторы (тк накопление вируса идет и при блокировке этих рецепторов,  и в макрофагах обнаруживается  синтезированная РНК вируса), и из-за чрезмерного фагоцитоза). Альвеолярные макрофгаи  так от коронавируса не страдают (и не выделяют стлько цитокинов).
Нахватавшиеся вируса чрезмерно (или зараженные) популяции макрофагов и ответственны за зашкаливающие уровни цитокиинов воспаления (и разлаженного иммунного овтета), которые  выделяются при инфекции и приводят к обширным поражениям завирушенных и окружающих  тканей.
Возможно, если каким-то образом повлиять на эту популяцию макрофагов, которая является  мишенью для коронавируса, можно "умерить" течение ковида.
( Read more... )

Работа от исследователей из Израиля, которые у медработников (около 4 тыс) измеряли показатели иммунного ответа на коронавирус САРС2 (и омикрон) посе 2 прививок, и после 3й, помесячно. Ну и за новыми случаями ковида в группе следили.
Двойная прививка подготавливает иммунитет к встрече с вирусом "во всеоружии" но, со временем, он затухает.
Согласно оценке авторов, антительный ответ падает (и нейтрализация вируса-тоже) примерно на 2% ежедневно (1.2% после 3й дозы прививки, 2-3% после 2 доз).
Клеточный иммунитет тоже, соответственно, ослабевает- реактивность Т-клеток на стимуляцию вирусом снизилась в полтора раза за 3-5 месяцев после прививки.
Омикрон нейтрализуется  хуже, чем предыдущие штаммы, и за 4 месяца после  полной прививки нейтрализующая активность иммунитета к нему снизилась более чем в 4 раза.
 Пробои авторы связали с тем, что иммунитет затухает.
Так же,  они отметили,  что те, кто подхватил омикрон, чаще были из группы, у кого "изначально" уровни гуморального ответа были ниже, чем в среднем.
У тех, кому больше 65 лет, уровни антител и титр нейтрализации вируса (и омикрона) похуже, чем у более молодых (в 1.4- 3.5 раза, соответственно). При этом, и иммунный ответ  после прививки ослабевает у них- быстрее.
3 доза стимулировала иммунитет, и неплохо, при этом до 4 месяцев антитела связывались с вирусом довольно прочно.
Авторы отмечают, что 3 доза прилично стимулирует иммунитет, и делает его более "стойким",  по сравнению с 2 дозами вакцины, тем не менее, омикрон сравнительно "устойчив" к прививкам. А уровень гуморального иммунитета может служить маркером вероятности подхватить ковид.
( Read more... )

 Авторы работы задались целью выяснить, каковы причины того, что после ковида некоторые пациенты подхватывают серьезные грибковые инфекции (мукоромикозы лица (носа\глаз), аспергиллозы в легких). Эти грибковые инфекции сложно диагностировать и лечить, и от них высокая смертность. После ковида в ряде стран, не только в Индии с ее теплым климатом, отмечались просто "вспышки" ковид- ассоциированных мукоромикозов и ковид-ассоциированных легочных аспергиллозов. Что не может не пугать.
Конечно, у части из забоелших грибковыми инфекциями во время или после ковида,  был диабет, и некоторых лечили кортикостеридами, что могло отрицательно сказаться на состоянии их иммунного ответа.. Так же, могли быть просто массивные поражения тканей, что делало их боеле уязвимыми кгрибкам. Но, эти факторы были в наличии  только у части пациентов, получиших грибковые "осложнения".
Предположив, что дело может быть в чем-то еще, ученые решили проверить, как реагирует иммунная система переболевших ковидом (тех, кто болел "умеренно"(10) и тяжело ( с вентиляцией) ,2, согласно классификации ВОЗ, без диабета, без серьезных хронических болезней иммуно-ослабляющего характера, в промежутке времени до через 4 недели после положительного теста) на грибковые антигены. По сравнению с контролем (не болели, не прививались, по всем показателям примерно такие же, как и "опыт".
Ученые из Германии взяли кровь для исследования ее реакции "экс виво" на антигены 2 грибков, ответственных за большинство ковид-ассоциированных микозов, Аспергиллуса и Ризопуса, Aspergillus fumigatus and Rhizopus arrhizus.
Что у них вышло.
Авторы отметили, что у больных, в основном, не было сильных отличий в количестве имумнных клеток в крови ( только у 2 из 12 лимфоцитопения, и у 2 из 12 сниженное количество натуральных киллеров), да и распределение лимфоцитов и лейкоцитов в пределах нормального разброса,  и С реактивный белок , в норме или слегка повышен). Однако при стимуляции крови грибковыми антигенами, реакции иммунных клеток больных и здоровых- заметно отличались
По сравнению с контролем, у переболеших ковидом  был слабенький иммунный ответ на грибковые антигены- и специфического (Тклеточный) и неспецифического иммунитета. Из 35 маркеров иммунного ответа на стимуляцию, у ковидных 15 были существенно ниже (3) или  почти не работали (13).
Однако, стоит отметить, что у ковидных цитокиновые уровни (по другим маркерам) в крови были повышенные, особенно при дельте. Наблюдалась "ковидная" разрегуляция.
На грибковые антигены белые клетки крови "крвидных" выделяли мало цитокинов, особенно снижен ответ был у Т-хелперов (в том числе интерферона гамма и интерлейкина 2, 5,4, 12), и медиаторов  системы врожденного иммунитета (включая CXCL9, CXCL10). Так же, у ковидных, лейкоциты оказались  с пониженной активностью, менее зрелыми, и фунгицидная активность их нейтрофилов была снижена (ее проверили отдельно спец-тестом) . Меньше было и зрелых макрофагов-моноцитов. Антиген-презентующие клетки у ковидных хуже работали на "показ" грибковых антигенов.
Еще, оказалось, что у тех, кто болел тяжелее, истощение имумнитета было более выраженным.
Дельта нарушала иммунный ответ более выраженно, чем альфа.
Сразу после ковида (и во время), иммунитет был слабее, чем спустя время.
Исходя из полученных данных, авторы делают вывод, что  ослабление имумннитета после ковида является  основным и общим фактором,  повыщающим уязвимость к грибкам, и на это могут наложиться еще и то, что иммунитет изначально был не ахти (диабет) или его к тому же и дополнительно придавили (стероиды для лечения "цитокинового шторма").( Read more... )

Авторы исследования брали кровь на анализ  нейтрализации омикрона и других вариантов коронавируса у тех, кто переболел омикроном (5-42 дня после).  ( Read more... )

Израильтяне первыми начали делать бустерные прививки (3 доза) и повторные бустерные прививки (4 доза), как только случаи ковида пошли в рост. Так что они  первые и докладываются о результатах.
В исследовании проверена эффективность 4 доз мРНК вакцины (BNT162b2, 154 человека, или mRNA1273, 120 человек) против омикрона.
Волонтерами были медработники, которые получили 3 дозы, и титр антител в крови которых был на уровне равно или менее 700 BAU, примерно у половины, до получения 4 прививки. Контролем была группа из 426 человек, примерно совпадающая по возрасту, у которых были 3 дозы вакцины (последняя не более чем 4 месяца тому) и похожие титры антител.
Вообще же, за прошедшие 4-5 месяцев с момента 3 прививки, титр антител к РСЧ у всех упал  в 6 раз, по сравнению с тем как он подрос вскорости после нее. Но все равно это было в 5 раз выше, чем титр перед 3 дозой (которая была сделана, всреднем, через 5 месяцев после 2й). У всех, кроме 2 человек, перед 4 дозой, титры антител были выше порога определения. Среднегеометрический нейтрализующий титр (GMT) был для файзера - 355 (95%CI 270-467), и 276 (95%CI 210-363) для модерны.
После 4 прививки  (через 2 недели), в опытной группе,  титр антител увеличился почти в 10 раз (стал, в среднем, 3788 IU  для файзера и 5192 IU для модерны), а нейтрализующая активность против омикрона была в 8 раз выше, чем было до 4 прививки. Так что в этот период после 4 дозы, иммунитет волонтеров вышел примерно на тот же уровень, на котором он был после 3 бустерной дозы. У контроля, не получивших 4 прививку, титр антител продолжал прогрессивно снижаться за время исследования (около полутора мсяцев).
Касательно Т-клеточного ответа, 4 доза его не особо поменяла,  за эти же 2 недели (как гуморальный):  он вырос с 50% реакции  в группе файзера, до 60% , и  с 60%, до 80% для модерны, при этом количество реагирующих клеток  в крови- не изменилось для файзера и подросло в 2.5 раза для модерны..
Тем не менее, не сморя на улучшившиеся характеристики иммунного овтета, заболеваемость ковидом в группе привитых была частая. Преимущественно, с умеренной симптоматикой, и, что важно, с выделением высоких уровней коронавируса (у всех заболевших, что в опыте, что в контроле (они ж все привитые 3-4 дозами) - для определения коронавируса надо было 24-25 циков ПЦР, в среднем..
Сравнивали, конечно, не с непривитыми, а с теми кто имел 3 дозы. Среди тех, кто получил 3 дозы, заболело  ковидом примерно 17% (73 из 426), а среди тех, кто был привит 4 дозами-  около 18-20%,  (28 из 154  для файзера, 24 из 120 для модерны).
Для всех групп, примерно у 70% ковида случаев температура не была выше 38С, и, в основном, температурили пару дней. Среди всех пробоев (133), 19 случаев  были асимптоматичными в течении первых 7 дней после первого положительного ПЦР.
Согласно данным авторов, эффективность 4 доз вакцины против омикрона для файзера составила 30%, а для модерны- 11%.
Касательно симптоматичного ковида, то защитная эффективность была выше: 43% для файзера и  31% для модерны. 
После 4 привики, в группе получивших ее, 80% сообщили о локальных осложнениях, и 45% об общих (43% для файзера и 56% для модерны). Наиболее частые общие реакции на првивку были слабость, миалгии и головная боль. Среди осложнения не было тяжелых, никто не нуждался в госпитализации. Температура выше 37.5С была только у 7%. Большинство побочек были умеренные, в и среднем, проходили за пару дней (1.7 суток). У тех, кто моложе, побочки от прививки были чаще. Вобщем, 4 доза переносилась примерно как и 3я.
Выводы авторов: для того чтобы предотвращать заболеваемость ковидом от омикрона и подобных ему штаммов, и предотвращения распространеняи вируса, нужна вакцина следующего поколения,  более специфичная к штамму, чем имеющаяся.

( Read more... )

Ученые из Англии  выяснили, что один из вспомогательных белков коронавиурса САРС2, а именно ORF6, не являясь структурным белком или ферментом, в то же время очень важен для настройки размножения вируса в клетке. Этот белок подавляет продукцию клеткой ее собственных белков,  путем блокирования входа и выхода  мессенжерных мРНК из ядра клетки, включая и такие регуляторные мРНК, которые важны для запуска внутриклеточного механизма защиты и врожденного иммунитета.
ORF6 нарушает работу фактора экспорта мРНК,  Rae1 (белок, связывающийся  с одноцепочечной РНК, считанной с ДНК, и помогающий ей проходить через поры в мембране ядра) и нуклеопорина  Nup98(косвенно). Из-за этого клетка не может вырабатывать свои белки (статья прошлого года) , нужные ей для нормального функционирования,  но и защищаться - тоже. Потому что заблокированными оказываются и сигнальный путь STAT1/2, и мРНК, "считанные" в ядре  после сигналов от внутренних противовирусных факторов IRF1 и RIG-I (специальные внутриклеточные рецепторные и активаторные белки, реагирующие на вирусы, они помогают запустить процесс в интерфероновых генах, чтобы клетка ответила своевременной выработкой интерферона). Не вышла мРНК (для синетеза белка)- не заработала рибосома, не выпустился нужный белок, так что и   вирус не заблокировали внутри, и сигнал другим клеткам не послали.. И, поскольку не выходят клеточные мРНК,  чтоб загружать рибосомы на выпуск белка, то вирус их использует для того чтобы производить белки для себя, на основе своей РНК.
Так что, блокируя  экспорт из ядра мРНК, вирус в первую очередь останавливает врожденный иммунный ответ клетки, и переключает  "клеточную машинерию" с выпуска необходимых клетке белков - на вирусные.
( Read more... )