chuka_lis | Entries tagged with эпидемия

Changes in SARS-CoV-2 seroprevalence and population immunity in Finland, 2020–2022
Финны подошли к оценке заболеваемости омикроном в стране (ну и популяционному иммунитету) слегка со стороны: они решили проверить не антиген, а антитела (полученные от прививки или болезни, ну или их остутствие). В стране успешно прошла кампания прививания, начиная с конца 2020го, потому, в основном, иммунитет в их выборке (около 10 тыс человек) к концу 2021 года был от прививок, те, иммунитет к Н-белку (капсульный) вируса, которого не было в прививке (там только к шипику ведь, у мРНК, которой привились большинство) был менее чем у 7%, как в популяции (те, что болели, или и болели и привиты). 96% их выборки имели минимум 1 прививку от ковида.
А потом пришел омикрон.
В первом квартале 2022 года, иммунитет к Н-белку в этой выборке определялся уже более чем у 30%, а еще через полгода- у 54%.
т.е омикронами переболела половина выборки. Так что авторы сделали вывод, что за тот период омикрон подхватила и примерно половина жителей страны (возрастом от 18 до 85 лет), ну и гибридный иммунитет (от прививки и посоедующей болезни) к концу 2022 сформировался у 51% популяции, но особенно у молодежи (более 70%). Может переболело и больше половины, Н-белок через год определяется только в 60-70% тестов (среди подтвержденных ковидов).
Here we show the development of immunity against SARS-CoV-2 in the Finnish adult population from the beginning of the COVID-19 pandemic to the end of 2022. Whilst S-IgG levels increased quickly in 2021 with the introduction of COVID-19 vaccinations, N-IgG seroprevalence remained below 7% until the last quartile of 2021. Age-adjusted N-IgG seroprevalence increased rapidly, and was 31% in Q1/2021 and 54% in Q4/2022, following the waves of infections caused by different Omicron variants¹¹. By the end of 2022, S-IgG seroprevalence in the study population was 99%, and 51% had vaccine and infection-induced antibodies, i.e., hybrid immunity.
при этом,
For samples collected 0-5 months, 6-12 months and over 12 months after PCR-confirmed infection, 90% (n=291), 74% (n=146) and 65% (n=26) had N-IgG, respectively.

Evidence of Leaky Protection Following COVID-19 Vaccination and SARS-CoV-2 Infection in a US Correctional Facility Population
Whether SARS-CoV-2 infection and COVID-19 vaccines confer exposure-dependent (“leaky”) protection remains unknown. We examined the effect of prior infection and vaccination on infection risk among residents of Connecticut correctional facilities during periods of predominant Omicron and Delta transmission. Residents with cell, unit, and no documented exposures to SARS-CoV-2 infected residents were matched by facility and date. During the Omicron period, prior infection and vaccination reduced the infection risk of residents without a documented exposure (Hazards ratio: infection, 0.36 [0.25-0.54]; vaccination, 0.57 [0.42-0.78]) and with cellblock exposures (infection, 0.61 [0.49-0.75]; vaccination, 0.69 [0.58-0.83]) but not with cell exposures (infection, 0.89 [0.58-1.35]; vaccination, 0.96 [0.64-1.46]). Associations were similar during the Delta period and when analyses were restricted to residents who underwent testing. These findings suggest that SARS-CoV-2 infection and COVID-19 vaccination may be leaky, highlighting the potential benefits of pairing vaccination with non-pharmaceutical interventions in densely crowded settings
На примере заключенных:
Среди тех кто переболел или привит, если они были сравнительно изолированы во время ковида волн дельты и омикрона (не находились в одной камере или блоке с заболевшим, те, без известной экспозиции), то вероятность заболеть снижалась в 3 раза (если они уже болели) и в 2 (если привиты) по сравнению с теми, кто без иммунитета вовсе.. Если кто-то болел в блоке и был источником заразы, то при такой "умеренной экспозиции"шансы подхватить были примерно 61% для переболевших и 69% для привитых (по сравнению с "наивными"). Если же больной был в одной камере с привитым, то переболевший имел шанс заболеть 89%, а привитый- 96%, те, почти гарантированно так же, при контакте с заразным, как и те, кто не имел иммунитета к вирусу.
Авторы делают вывод, что иммунитет к ковиду "протекает", и для контроля эпидемии карантинные меры, очень желательны (помимо иммунитета, полученного от прививки или болезни).
Так же наглядно. что болезнь защищает чуть лучше чем прививка.
Кроме того, авторы попытались проверить, а не заражает ли окружающих хуже привитый или переболевший, по сравнению с теми, кто подхватил ковид в первый раз? Увы, достоверной разницы обнаружить не удалось, все индекс кейсы (наивные, привитые, переболевшие) заражали окружение примерно одинаково.

В научном журнале опубликована статья про то, что коронавирус может передаваться от кошек к человеку.( Read more... )

Омикронов (линия штаммов ковида, которая продолжает ветвиться и "расти") довольно много, и кроме того, что они сравнительно "легкие" в своей симптоматике (этот штам "нацелен" на преимущественную колонизацию ВДП, а не НДП, как уханьский или там альфа-дельта-гамма), омикроны характеризутся тем, что они уходят от имумнного ответа, полученного от иммунизации или предыдущего ковида, включая штаммы внутри этой линии..
Чем это чревато- а тем, что омикронами заражаются и болеют те, кто привит или болел ранее, или и привит и болел омикроном, или привит и бустирован, или болел именно омикроном, итп.
( Read more... )

Работа, в которой показано, что омикрон вполне успешно передается между заболевшими кошками, и. кроме этого, может передаваться и без непосредственного контакта.
Susceptibility of domestic cats for infection with SARS-CoV-2 has been demonstrated by several experimental studies and field observations. We performed an extensive study to further characterize transmission of SARS-CoV-2 between cats, both by direct contact as well as by indirect contact. To that end, we estimated the transmission rate parameter and the decay parameter for infectivity in the environment. Using four groups of pair-transmission experiment, all donor (inoculated) cats became infected, shed virus and seroconverted, while three out of four direct contact cats got infected, shed virus and two of those seroconverted. One out of eight cats exposed to a SARS-CoV-2-contaminated environment became infected but did not seroconvert. Statistical analysis of the transmission data gives a reproduction number R0 of 2.18
Infections of cats via exposure to a SARS-CoV-2-contaminated environment cannot be excluded if cats are exposed shortly after contamination.

С вакцинацией от ковида вот такой примерно расклад, как рассказьівается в этой статье.( Read more... )

Статья-мнение, о том, чего ожидать от эпидемии.
У меня примерно такой же взгляд на ситуацию, без оптимизма.( Read more... )

На мой взгляд, довольно наглядно показывает, что одними прививками с ковидом справиться не дано, сравнение избыточной смертности в штате Массечуссетс в период хождения дельты и омикрона.
Не то, чтобы в этом штате была супер- высокая смертность, все же это продвинутый с мысле здравоохранения штат (по меркам США), но разница- заметна... Ну и исследуют в нем более серьезно чем о многих других штатах.
В Массачуссетсе на момент прихода дельты были привиты почти все взрослые и довольно много детей. На время прихода омикрона- и подавно, и с бустерами уже были уязвимые (не все, но часть).
То есть, с этой точки зрения, хорошая "подготовка" в штате - была.
Но во время омикрона, как и везде в США, непопулярные противоэпидемические меры (из нефармакологических) почти сошли на нет. В Массачуссетсе, конечно, не так резко и массово, как в ряде других штатов, но, все же, и этот штат шел в ногу с рекомедациями СДС.
Предварительные данные такие, что омикрон, хотя и заразнее в несколько раз, чем дельта, в то же время, менее патогенный, сам по себе, тк приспособился больше к ВДП, чем к НДП.. Потому в том, что касается заболеваемости в популяции, и тд, он берет, скорее, "количеством".
В цифрах- избыточная смертность во время хождения "дельты", или 23 недели, среди взрослых, в штате была 1975 смертей, или около 7% (от всех смертей за этот период). Во время хождения "омикрона", 8 недель, избыточная смертность была 2294 случаев, или 19%. Понедельно избыточная смертность от омикрона превышала таковую от дельты раза в 3.
Потому что прививки сами по себе не препятствовали хождению вируса и широкому заражению, и, соответственно, смертность вышла выше, не смотря на меньшую патогенность штамма. И не меньшую, а большую привитость населения.
Работа показывает, на мой взгляд, что вклад нефармакологических методов в снижение заболеваемости и смертности от ковида (да и чего-либо еще с подобным типом хождения в популяции)- довольно весом.
( Read more... )

Как по мне, это очевидный маркер.
Министр здравоохранения и социальных служб Ксавиер Бесерра, полностью привитый и с бустером ( полученным во 2 половине февраля 2022) - заболел ковидом.
Пока что симптомы у него "умеренные".
Надеюсь, что все вместе, включая менее патогенный штамм, прививку и бустер, снизят риски и позволят переболеть легко.
Но то что сейчас происходит- это показатель того, что вирус -гуляет вовсю, и прививки и бустеры, даже свежие, ему не мешают заражать.
Если коронавирус широко распространен, он мутирует, меняется, притом прививки не замедляют этот процесс, как мы видим ( омикроновая волна, и первая и вторая), а способствуют эволюции вируса на уход от иммунитета.
Но, к сожалению, люди пока не могут понять, что противоэпидемические меры это не только и не столько прививки. И что необходимость- может быть важнее неудобств.
У меня ежедневные письма из школы (там пока худо-бедно трейсят и тестируют по просьбе, за счет страховки) по несколько штук в день- "близкий контакт в период такой то", а в последние дни уже в одном письме пишут несколько периодов "широким мазком" (например, в период с 11 по 13 мая, 12 мая, с 11 по 16 мая, с 13 по 15- все в 1 письме).
В марте был "всплеск" поменьше, в январе, когда шел омикрон- совсем маленький по сравнению с этим периодом. Но больший чем при дельте (тк тогда еще были маски)
При этом эпидемии ковида- нет.
Да, у меня есть мысль, что часть новых штаммов уже не ловится. И если предположить что в январе доминировал омикрон1, в марте апреле- омикрон 2, то сейчас, есть шанс, добавляется, что-то еще.
А чем дальше вирус будет мутировать (а он этим занимется) тем больше шансов на "невидимые" подвиды. И на рост их доли среди ковидных штаммов (особенно, если они мимикрируют под ОРЗ или что-то еще, не слишком патогенное по симптомам, чтоб врачи и ученые делали полные чтения генома в образцах, ужаснувшись (как случилосьв Ухани))..

Работа, в которой оценивается "выявляемость" случаев ковида в США во время омикроновой волны.( Read more... )

Они могут оказаться гораздо более частым явлением, чем предполагалось.
Официально, считается, что если второй ковид случился в период до 3 месяцев после 1го, то это не новый ковид, а, вероятнее всего, старый. Якобы, человек недоболел.
Но есть документированные случаи ( со считыванием генома вируса), когда второй ковид случался ранее, чем через 3 месяца после первого. Хотя они не сильно частые. Впрочем, и проверяют же редко.
Недавно опубликовали данные по рекордно короткому промежутку между 2мя ковидами.
Второй ковид случился спустя всего 20 дней после первого.
Медсестра в Испании, средних лет, полностью привитая, во второй половине декабря 2021 года подхватила дельту. Особых симптомов не было, наверное, если бы не тест, то и не думала что ковид.
Но спустя менее чем через 3 недели, в январе 2022, появились выраженные симптомы простуды- в том числе и высокая температура, так что женщина сделала еще раз тест на ковид.
Положительный.
Для обоих образцов из мазков сделали полный сиквенс генома. Первый ковид был вызван дельтой, второй- омикроном.
Женщина- практически здоровая, и без проблем с иммунитетом.
И вот на те- полностью привитая, после асимптоматичного ковида, и снова ковид- симптоматичный.
Но, стоит отметить, в большинстве случаев никто не делает полного анализа генома, чтоб определить штамм коронавируса, да и образцы редко хранятся долго.
А если кто подхватил ковид, и спустя время снова "простыл"- то вовсе не обязательно он будет тестироваться, снова, тем более, что Минздравы уверяют, что вирус может выделяться чуть ли не пару месяцев, иногда. Но это не является связанным с инфекцией и заразностью, а то и с болезнью.
В общем, это история про то, что ковид случается чаще чем думают, и прививка или предыдущая болезнь не особо являются препятствием для новой инфекции. Но, все же, скорее всего, позволяют переболеть более легко.
Тем не менее, авторы считают, что за время жизни, вероятно, все люди переболеют ковидом раза по два или более. Они оценивают частоту реинфекций в 11% (а не в 1%).

Исследователи из Китая оценили, на сколько мутации в шипике (уже известные по циркулирующим штаммам) и некоторые их комбинации позволяют коронавирусу расширять свои горизонты, перескакивая между видами. Для этого они создали псевдовирусные частицы, шипики которых содержали эти определенные мутации- либо 1, либо комбинацию, всего 27 вариантов, и проверяли, как эти псевдовирусы заражают клеточные культуры (20 линий), которые экспрессировали АСЕ2 рецепторы разных видов животных. Включая приматов, домашних питомцев и кур.
Оказалось, что часть из мутаций, присущих разным вариантам САРС2, дают им преимущество и в заражении других животных. Например, омикроновые, облегчают заражение грызунов. А если к мутациям омикрона 2 добавить еще одну (из уже имеющихся в другом штамме коронавируса), то вариант с такой комбинацией уже сможет заражать и кур. Что откроет большую перспективу для вируса, ведь птицы- это новая ниша обитания, к тому же мобильная, да и людям от этого не очень- чего стоит птичий грипп, а и просто грипп, который тоже переносится птицами. К тому же, вирус всегда может перескакивать обратно. И иметь при этом, в общем-то, любую патогенность (она может быть как ниже, после такого похода "налево", так и выше).
Другая группа ученых, исследуя структурные особенности шипиков омикронов1 и 2, и их способности к эффективному взаимодействию с человеческими АСЕ2, сравнивая со взаимодействием в другими типами АСЕ2, пришла к выводу, что штаммы омикронов 1 и 2 получились после того, как коронавирус пересокчил от людей к кошкам, от них к мышкам, и потом назад - к людям.
Контролировать вирус, который обладает такой "гибкостью" и зоонозной всеядностью, сложно.( Read more... )

Вывелся гибрид между двуся омикронами, 1 и 2. И назвали его ХЕ. Пока что известно, что он заразнее родителей, примерно на 10%. А вот на сколько он более опасен, еще сложно понять, тк пока что зарегистрировано не более 1000 встреч.
Еще одно подтверждение, что люди болеют несколькими штаммами сразу, и что при этом происходят рекомбинации с формированием гибридов.

Южная Корея послабила карантинные меры против ковида в 2022 году.
На этом фоне омикрон и омикрон-2 (56% инфекций) разгулялись вовсю, и сейчас в Корее рекордные темпы заражения за весь предыдущий период эпидемии (пару недель тому был пик более чем в 600 тыс человек в день, что много для страны с населением в 51 млн человек).( Read more... )

Ввиду роста случаев ковида, вызванного омикроном, сейчас там вводят локадун в Шанхае (локдаун по-китайски, что не чета прочим, хоть пока что и в более мягком варианте- для 2 частей города (начав с Пудонга), последовательно, и на более короткое время). В Шанхае живет 25 млн человек.
Само собой, и массовое тестирование.
Эта экстраординарная мера принята, тк в городе зарегистрировано 3.5 тыс случаев ковида

Соответственно рекомендациям СДС, что маски уже никому не нужны, в Белом доме их (уже) не носили.
Джейн Псаки (привитая, и с бустером, и ей 43), подхватила ковид 2й раз за полгода. Напомню, последний ее случай был в конце октября, когда она тоже "болела умеренно симптоматично", а заразилась "внутри семьи".
Потому Джейн сейчас соблюдает рекомендации, находясь дома, и болеет умеренно симптоматично "благодаря прививке".
Ну или предыдущему ковиду.
Или потому что штамм не особо патогенный.
Или потому что среднего возраста и не в группе риска.

В США, мониторинг сточных вод показывает, что грядет очередной рост случаев ковида (думаю, не исключено, что и взрывной, как при омикроновой волне).( Read more... )

Поскольку коронавирусы обладают способностью к гибридизации, в том, что после волны дельты, которую перехлестнул омикрон, как чертик из табакерки выскочил "дельтакрон", нет ничего удивительного. Потому мне были непонятны "опровержения" некоторыми учеными первых сообщений греков о том, что те обнаружили гибрид дельты и омикрона.
Теперь этот гибрид, который неофицильно кличут дельтакроном, находят не только в Греции, а и много где, и его количество в популяции набирает обороты.
Это, конечно, врядли будет один гибрид, скорее несколько линий, и необязательно из одного корня, как обычно, среди которых отловят часть случайных, и большинство тех, что получают эволюционное преимущество, тк их будет больше, количественно.
Сейчас пока сложно говорить о том, что это за вариант по свойствам, тк случаев не настолько уж много чтоб сложить картину о вирулентности и патогенности.
Дельта характеризуется не особой мягкостью, зато отличной заразностью.
Омикрон- тоже сильно заразен, и, хоть количественно его продуцируется чуть меньше чем дельты, зато держистя за рецепторы он покрепче и выживает в окружающей среде получше дельты (и других предшественников)- что позволило ему заражать лучше, прокатиться пожаром почти по всему земному шару. К тому же его преимущество- уход от предыдущего иммунитета, потому его подхватили наверное все кто мог, даже те, кто уже болел в это время дельтой (что и создало условия для гибридизации).
Дельта считалась довольно неприятной, но от нее, в приницпе,не плохо срабатывал прививочный иммунитет.
Омикрон, считался вариантом полегче, но при этом прививка от него защищала мало (на счет заразиться-заболеть).
В условиях, когда только-только прошли обе волны, с моей точки зрения, будут преобладать те линии дельтакрона, антигенность которых больше похожа на дельту, тк как раз проходит примерно полгода, чтоб иммунитет после ее волны- снизился.
Иммунитет к омикрону не особо помогает от других штаммов коронавируса, по той же причине, что и не помогает наоборот. Т. е, те, у кого свежий иммунитет к омикрону и стареющий к дельте, могут быть снова уязвимы к дельте или чему-то, более похожему на нее.
Однако, антигенность возбудителя не обязательно совпадает с другими его свойствами. Это только один из факторов отбора, - взаимодействие с иммунитетом хозяина.
Потому дельтакрон может вполне быть не так уже похож по свойствам на "папу и маму". А может быть сильно похож, и взять от них "самое лучшее".
Время покажет.
К тому же, сейчас гуляют и другие штаммы, и почти наверняка формируются новые. При том, что противоэпидемически меры почти везде сведены на нет, вирусу- раздолье, и с учетом широты охвата и разнообразия условий для "культивирования", вариантов может быть- множество. Включая более патогенные, тк патогенность вирусу не особо мешает- ему всегда найдется куда и когда переселиться.
Теоретически, в ближайшие месяц-два должен быть новый рост случаев ковида.

Официально зарегистрировано 6 млн смертей от ковида в мире.
Если первый миллион "набирался" за 7 месяцев, второй -4, то остальные занимали по 3.
Самое большое абсолютное количество смертей - в США, затем идут Бразилия, Индия и россия.
Переболело ковидом (с подвтержденным тестом) почти полмиллиарда.

( Read more... )

В Канаде отмечен случай, когда коронавирус САРС2 перескочил, скорее всего, от оленей (которые, считается, заражаются от людей и потом легко передают друг другу) - обратно к людям. Этот вариант коронавируса новой линии содержит 76 мутаций, из которых 37, считается, относятся к тем, что помогли вирусу адаптироваться у животных. 23 из этих "животных" мутаций к оленям не относятся, так что может быть, вирус "подгулял" где-то еще.
Но авторы отмечают, что не похоже, чтобы этот вариант вируса был с усточивостью к иммунитету, выработанному прививкой. Что хорошо.
( Read more... )