Середина ноября 2019 года, Италия

Проверив "старые" образцы из сохранившихся по мониторинговой системе страны на корь-краснуху,  на коронавирус, итальянцы обнаружили, что первые случаи ковида в стране   были  минимум на 3 месяца раньше, чем считалось.
В мазке ребенка,  заболевшего примерно в средине ноября, у которого подозревали корь (на то время, в начале декабря 2019 года) - кори не обнаружилось, как и в еще почти 40  подозреваемых на корь образцах конца 2019 начала 20 года., Зато был коронавирус САРС 2, как оказалось спустя год.  А его "корь" была  ковидным мультисистемным воспалительным синдромом после ОРЗ (ковида). Ребенок попадал в скорую со своей болезнью, и лечилися потом в больнице, кстати.
Ну это сейчас врачи сообразили,  что то были не просто "кожные манифестации" и коре-подобная болезнь, а МСВС. После летних публикаций. А до этого диагностировали как умели и лечили как могли.
 Вообще, если бы собирали больше образцов и хранили лучше- может нашли бы и больше "ранних" случаев ковида. И не только в Италии. Ведь это был мазок изо рта, и не менее чем через 2 недели после начала зболевания. И образцы в клинике при университете сохранялись "не оптимально" для РНК, как отмечают ученые. Да и другие мазки, были наверняка "очень поздние" для ковида- у большинства детей  кожные проявления возникают, когда они уже "негативные" на коронавирус.  И ребенок этот не с Луны- и от кого-то заразился, там же, в Италии.
И я соглашусь с авторами, да и раньше  в блоге высказывала мысль- для того, чтобы случались "Ухани", "Бергамо", "Нью Йорки" и прочие агрессивные вспышки-  эти места уже должны быть прилично "завирушены",  к пиковому моменту смертей и заполненных реанимаций:  отлавливается верхушка айсберга. И,  думаю, что для части тяжелых- это не первая встреча с вирусом.
Он, может, появился  и в Китае- но гораздо раньше, чем  его отловили китайские врачи.
А если б они не забили тревогу, наученные в свое время опытом САРС- так бы и были все ковидные случаи по миру-  "тяжелый грипп", "атипичные пневмонии" или "пневмониты",  "просто такое вот ОРВИ", или  "корь" , и  всякие "непонятные" заболевания.

( Read more... )

Вполне неплохо сохраняется

Коронавирус САРС2, вызывающий ковид, довольно хорошо определяется в ректальных мазках, и выделяется он таким путем дольше, чем через дыхательную систему.
Это натолкнуло ученых проверять на наличие вируса образцы сточных под- чтобы по ним, в том числе, ориентироваться о состоянии эпидемической ситуации в регионах. Метод довольно чувствительный, показал себя вполне рабочим, и даже на уровне "прогноза" (правда, задним числом- ведь не смотря на то, что метод детекции работает, и количественно в том числе, никто не мониторит регулярно сточные воды "просто так", чтобы заранее узнавать, где возможны серьезные вспышки, и принимать упреждающие меры).
Хотя нет- вроде вот пишут что метод детекции используют (или рекомендуют?) в США. Правда, результатов этого мониторинга что-то не видать. может, только начали..
Но  у метода оперделения вирусной РНК в сточных водах, как отмечают авторы публикации, есть и нюансы.
Метод ПЦР определяет вирусную РНК, без разницы, в каком она состоянии- был бы в наличии фрагмент, с которым связывается праймер, после извлечения РНК из образца. А состояние РНК может быть критически важным- ведь если она "целенькая", да еще и в капсиде и суперкапсиде- это значит, что в сточной воде присутствует вирус собственной персоной, и, есть шанс, что плохо очищенная вода может послужить источником заражения (для персонала очистного сооружения, например). И конечно, это важно для оценки сроков с момента контаминации- ведь со временем  вирус деградирует, но РНК определится все равно.
Согласно данным авторов, примерно 5 часть (до 30%)  коронавирусной РНК в образцах сточных вод находится в виде "целого вируса",  и часть из него- способна к инфекции.
Выживаемость коронавируса в сточных водах заметно ниже, чем у энтеровирусов (они брали для положительного конроля вирус Коксаки)- тем не менее, вполне приличная.
Согласно данным авторов, коронавирусная РНК может сохраняться до 7 дней и при температурах от +4 до 40С. При +4+20С  они вполне определяли и"общую", и "внутрикапсидную" РНК до 10-12 дней. Дальше, вероятно, не инкубировали-  тк графики просто обрываются на концентрациях  РНК 100 000 мкг на литр. Изначальные концентрации коронавирусной РНК в образцах сточных воды- примерно 5 г на литр (вроде и ничего себе количество, да?)
Вирусных частиц, способных заражать, было примерно 1 на 100 определенных (из РНК, защищенных капсидом и суперкапсидом).
Касательно инфекционности- в течении суток коронавирус, присутствующий в необработанных сточных водах, при температуре около +4С, мог заражать культуры клеток без проблем. В отличии от энтеровируса, которые не терял такой способности и дальше. При +20С, количество инфицирующих коронавирусов уменьшалось в 1000 раз через сутки ( от 10 тыс до 10 частиц на 1 мл жидкости). При этом в контроле (культуральная среда) инфекционность коронавируса оставалась такой же, как и ранее. Так что в сточных водах коронавирусу  - не сладко.
При этом, суперкапсид и капсид лучше сохраняют вирусную РНК от разрушения температурами и разными химическими веществами, которые могут присутствовать в сточных водах. Чем просто капсид (как у энтеровирусов). Температурная обработка ( где то около +45) резко снижает количество "инфекционных" коронавирусов в сточных водах.
 С точки зрения авторов, с учетом этих нюансов, метод может использоваться как "мониторинговый".

( Read more... )