Вполне неплохо сохраняется
Dec. 22nd, 2020 05:51 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
chuka_lisКоронавирус САРС2, вызывающий ковид, довольно хорошо определяется в ректальных мазках, и выделяется он таким путем дольше, чем через дыхательную систему.
Это натолкнуло ученых проверять на наличие вируса образцы сточных под- чтобы по ним, в том числе, ориентироваться о состоянии эпидемической ситуации в регионах. Метод довольно чувствительный, показал себя вполне рабочим, и даже на уровне "прогноза" (правда, задним числом- ведь не смотря на то, что метод детекции работает, и количественно в том числе, никто не мониторит регулярно сточные воды "просто так", чтобы заранее узнавать, где возможны серьезные вспышки, и принимать упреждающие меры).
Хотя нет- вроде вот пишут что метод детекции используют (или рекомендуют?) в США. Правда, результатов этого мониторинга что-то не видать. может, только начали..
Но у метода оперделения вирусной РНК в сточных водах, как отмечают авторы публикации, есть и нюансы.
Метод ПЦР определяет вирусную РНК, без разницы, в каком она состоянии- был бы в наличии фрагмент, с которым связывается праймер, после извлечения РНК из образца. А состояние РНК может быть критически важным- ведь если она "целенькая", да еще и в капсиде и суперкапсиде- это значит, что в сточной воде присутствует вирус собственной персоной, и, есть шанс, что плохо очищенная вода может послужить источником заражения (для персонала очистного сооружения, например). И конечно, это важно для оценки сроков с момента контаминации- ведь со временем вирус деградирует, но РНК определится все равно.
Согласно данным авторов, примерно 5 часть (до 30%) коронавирусной РНК в образцах сточных вод находится в виде "целого вируса", и часть из него- способна к инфекции.
Выживаемость коронавируса в сточных водах заметно ниже, чем у энтеровирусов (они брали для положительного конроля вирус Коксаки)- тем не менее, вполне приличная.
Согласно данным авторов, коронавирусная РНК может сохраняться до 7 дней и при температурах от +4 до 40С. При +4+20С они вполне определяли и"общую", и "внутрикапсидную" РНК до 10-12 дней. Дальше, вероятно, не инкубировали- тк графики просто обрываются на концентрациях РНК 100 000 мкг на литр. Изначальные концентрации коронавирусной РНК в образцах сточных воды- примерно 5 г на литр (вроде и ничего себе количество, да?)
Вирусных частиц, способных заражать, было примерно 1 на 100 определенных (из РНК, защищенных капсидом и суперкапсидом).
Касательно инфекционности- в течении суток коронавирус, присутствующий в необработанных сточных водах, при температуре около +4С, мог заражать культуры клеток без проблем. В отличии от энтеровируса, которые не терял такой способности и дальше. При +20С, количество инфицирующих коронавирусов уменьшалось в 1000 раз через сутки ( от 10 тыс до 10 частиц на 1 мл жидкости). При этом в контроле (культуральная среда) инфекционность коронавируса оставалась такой же, как и ранее. Так что в сточных водах коронавирусу - не сладко.
При этом, суперкапсид и капсид лучше сохраняют вирусную РНК от разрушения температурами и разными химическими веществами, которые могут присутствовать в сточных водах. Чем просто капсид (как у энтеровирусов). Температурная обработка ( где то около +45) резко снижает количество "инфекционных" коронавирусов в сточных водах.
С точки зрения авторов, с учетом этих нюансов, метод может использоваться как "мониторинговый".
SARS-CoV-2is detected in feces of about 50% of infected people, mainly with no or moderate symptoms (Lescure et 268al., 2020; Pan et al., 2020b; Tang et al., 2020). It has been proposed that the presence of SARS-CoV-2269genomesin raw wastewater could reflect the virus excreted by infected people, whether they are symptomatic or not.
The quantification of SARS-CoV-2genomein wastewater has been proposedas an alternative strategy to monitor the dynamics of pandemic SARS-CoV-2virus.
We propose that SARS-CoV-2genomes can exist under three different96statesat least: genomic RNA protected within an infectious particle, genomic RNA protected ina non-97infectiousstructure, free total or partial genomic RNA. SARS-CoV-2persistence and integrity were compared to an enteric virus –Coxsackievirus B5 –that is commonly found in feces and wastewater.99The analysis of 87 raw wastewater samples collected from April to July 2020 in Paris area confirmed 100that total viral RNA can be detected under both a protected and an unprotected form.
The present work intended to evaluate SARS-CoV-2 stability both under an infectious form or by 91quantifying viral RNA in wastewaters. We first demonstrated that SARS-CoV-2RNA can be quantified without significant loss in wastewaters samples forup to 7days at 4°C or 20°C, suggesting that viral RNA islargely protected from environnemental degradation.
In this study, infectious SARS-CoV-2 was spiked in negative wastewater samples 308and viable viruses were quantified up to 24 hours, without pretreatment of sample before cultivation.
Это натолкнуло ученых проверять на наличие вируса образцы сточных под- чтобы по ним, в том числе, ориентироваться о состоянии эпидемической ситуации в регионах. Метод довольно чувствительный, показал себя вполне рабочим, и даже на уровне "прогноза" (правда, задним числом- ведь не смотря на то, что метод детекции работает, и количественно в том числе, никто не мониторит регулярно сточные воды "просто так", чтобы заранее узнавать, где возможны серьезные вспышки, и принимать упреждающие меры).
Хотя нет- вроде вот пишут что метод детекции используют (или рекомендуют?) в США. Правда, результатов этого мониторинга что-то не видать. может, только начали..
Но у метода оперделения вирусной РНК в сточных водах, как отмечают авторы публикации, есть и нюансы.
Метод ПЦР определяет вирусную РНК, без разницы, в каком она состоянии- был бы в наличии фрагмент, с которым связывается праймер, после извлечения РНК из образца. А состояние РНК может быть критически важным- ведь если она "целенькая", да еще и в капсиде и суперкапсиде- это значит, что в сточной воде присутствует вирус собственной персоной, и, есть шанс, что плохо очищенная вода может послужить источником заражения (для персонала очистного сооружения, например). И конечно, это важно для оценки сроков с момента контаминации- ведь со временем вирус деградирует, но РНК определится все равно.
Согласно данным авторов, примерно 5 часть (до 30%) коронавирусной РНК в образцах сточных вод находится в виде "целого вируса", и часть из него- способна к инфекции.
Выживаемость коронавируса в сточных водах заметно ниже, чем у энтеровирусов (они брали для положительного конроля вирус Коксаки)- тем не менее, вполне приличная.
Согласно данным авторов, коронавирусная РНК может сохраняться до 7 дней и при температурах от +4 до 40С. При +4+20С они вполне определяли и"общую", и "внутрикапсидную" РНК до 10-12 дней. Дальше, вероятно, не инкубировали- тк графики просто обрываются на концентрациях РНК 100 000 мкг на литр. Изначальные концентрации коронавирусной РНК в образцах сточных воды- примерно 5 г на литр (вроде и ничего себе количество, да?)
Вирусных частиц, способных заражать, было примерно 1 на 100 определенных (из РНК, защищенных капсидом и суперкапсидом).
Касательно инфекционности- в течении суток коронавирус, присутствующий в необработанных сточных водах, при температуре около +4С, мог заражать культуры клеток без проблем. В отличии от энтеровируса, которые не терял такой способности и дальше. При +20С, количество инфицирующих коронавирусов уменьшалось в 1000 раз через сутки ( от 10 тыс до 10 частиц на 1 мл жидкости). При этом в контроле (культуральная среда) инфекционность коронавируса оставалась такой же, как и ранее. Так что в сточных водах коронавирусу - не сладко.
При этом, суперкапсид и капсид лучше сохраняют вирусную РНК от разрушения температурами и разными химическими веществами, которые могут присутствовать в сточных водах. Чем просто капсид (как у энтеровирусов). Температурная обработка ( где то около +45) резко снижает количество "инфекционных" коронавирусов в сточных водах.
С точки зрения авторов, с учетом этих нюансов, метод может использоваться как "мониторинговый".
SARS-CoV-2is detected in feces of about 50% of infected people, mainly with no or moderate symptoms (Lescure et 268al., 2020; Pan et al., 2020b; Tang et al., 2020). It has been proposed that the presence of SARS-CoV-2269genomesin raw wastewater could reflect the virus excreted by infected people, whether they are symptomatic or not.
The quantification of SARS-CoV-2genomein wastewater has been proposedas an alternative strategy to monitor the dynamics of pandemic SARS-CoV-2virus.
We propose that SARS-CoV-2genomes can exist under three different96statesat least: genomic RNA protected within an infectious particle, genomic RNA protected ina non-97infectiousstructure, free total or partial genomic RNA. SARS-CoV-2persistence and integrity were compared to an enteric virus –Coxsackievirus B5 –that is commonly found in feces and wastewater.99The analysis of 87 raw wastewater samples collected from April to July 2020 in Paris area confirmed 100that total viral RNA can be detected under both a protected and an unprotected form.
The present work intended to evaluate SARS-CoV-2 stability both under an infectious form or by 91quantifying viral RNA in wastewaters. We first demonstrated that SARS-CoV-2RNA can be quantified without significant loss in wastewaters samples forup to 7days at 4°C or 20°C, suggesting that viral RNA islargely protected from environnemental degradation.
In this study, infectious SARS-CoV-2 was spiked in negative wastewater samples 308and viable viruses were quantified up to 24 hours, without pretreatment of sample before cultivation.
![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}