Мутации у коронавируса

В конце сентября вышла статья о том, как мутирует коронавирус САРС2
An evolutionary portrait of the progenitor SARS-CoV-2 and its dominant offshoots in COVID-19 pandemic
где авторами проделана большая работа по определению направленности и частоты мутаций. И они попытались создать что-то вроде "эволюционного дерева" коронавируса САРС2.
( Read more... )

Считается, что коронавирус САРС2 мутирует не сильно быстро, не быстрее, чем 25 оснований за год.
Данные тут.
Правда, на мой взгляд, это не намного медленнее, чем, допустим, вирус гриппа Б:( Read more... )

у которого тоже получается, как ни крути, меньше чем 25 пар оснований в год.
Конечно, с учетом того, что у коронавируса геном-то в 2 раза длинее, чем у гриппа, наверное, получается что мутирует в 1.5 -2 раза меньше (при похожих абсолютных цифрах) или так же (7.5-10 на 15 тыс или 20-25 на 30тыс)
Опять же, утешение ли это- другие, ДНК содержащие вирусы мутируют в 300 раз медленнее гриппа(или прочих РНК содержащих виурсов), а коронавирус только в 2. И мы знаем, что грипп все же мутирует довольно быстро-новые штаммы каждый год. Новый, слегка отличный по антигенам штамм ковида раз в 2 года, э.. не слишком весело?

Исходя из данных сиквенсов, вирус уже получил всю "преподготовку" к прыжку на человека, во времна бытностью   "про-коронавирусом ковида" и "материнским" штаммом, чтобы вызвать пандемию. Вирус уже когда-то, ранее, прошел "адаптацию" на людях.
Из популярного изложения:
( Read more... )

Из моих размышлений- если скорость мутаций вируса около 25 нуклеотидов в год, и он уже имеет около 1100 "отличий" (In the proCoV2 genome,there are 170non‐synonymous and 958 synonymous substitutions) с самым ближайшим родственником-вирусом летучих мышей RaTG13 (96% гомологии, тогда как с другими известными-меньше), и, про-вирус уже был "готов" по своим инфекционным свойствам к тому, чтоб стать источником эпидемии (передача от человека к человеку), то, получается, "перескочил" вирус с летучих мышей на людей (или промежуточного хозяина) - гораздо раньше, чем в прошлом году.
Конечно, и панголины там навернякак замешаны-они гораздо более популярны в Китае, чем летучие мыши, и шипиковый белок панголиновского коронавиурса EPI_ISL_410721 ну прям копия вируса ковида. К тому же и другие части коронавируса САРС2 тоже показывают высокую гомологичность с этим вирусом пагнолинов. Где-то в прошлом они пересекались и рекомбинировали (и рекомбинация могла быть вовсе и не в панголине или летучей мыши, а в ком-то третьем).

У меня есть подозрение- что и в нашу популяцию вирус выскочил раньше 2019 года, и это не первая эпидемия коронавируса САРС2, но первая заметная эпидемия.
Потому иногда появляются "находки" в образцах прошлых годов: или следов вируса, в тех же сточных водах, или антител в крови доноров. Они редкие, но так и должно быть, пока вирус "адаптировался".
Антитела не совсем совсем такие же, как к текущему САРС2, но и не должны быть совсем такими же- ведь мутации не останавливались, и они не являются последовательными, а идут параллельно.
Это может быть не то чтобы "кросс-реактивность" с совем другими коронавирусами, "кросс-реактивность" а с непосредственным "предком", который притирался в популяции. Возможно, если сохранились образцы- хорошо бы проверить -несколько лет тому назад были "эпидемии" ОРЗшек, протекаших с пневмониями, "больше чем обычно", и не гриппозными (ну и не бактериальными). Это могли быть заболевания от "про-коронавируса".
В конце прошлого и в этом году вирус просто уже развернулся- тк достиг за предыдущее время притирания к человеку очень хорошей инфекционности (и все равно отмечается, что в 10-20% случаев- работают суперспредеры-ответственные за зарежение большинства, 80%, от остальных вирус распространяется слабо), и благодаря феномену, что повторные или последующие инфекции, у части столкнувшихся с вирусом вторично (и тд), протекают тяжелее. Из-за тяжести и похожести на САРС, с которым Китай сталкивался- его и отловили, и "выделили", в Китае же.
И, может быть, что коронавирус САРС2 "выскочил" из популяции животных примерно тогда же (если не чуть ранее), когда САРС и МЕРСом (что обеспечило ему лучшую "заточенность" под человека, чем у этих "кузенов")-- т.е, это конец 20- начало 21 века.

Китайская вакцина

Синовак, китайская вакцина, 20 октября начала тестироваться в клиническом испытании (3 фаза, 9 тыс человек) в Бразилии.
Бразильские депутаты уже планировали массовые закупки вакцины и даже выбили деньги и обязательства от правительства (не смотря на негативное отношение Болсонаро)
Стало известно, что пока что испытания приостановили.
Причина -29 октября умер один из волонтеров, который получил дозу вакцины.
Подробности, традиционно, не сообщаются.
Anvisa не разглашает дополнительную информацию о приостановке испытаний Coronavac, которые проходят этап 3 клинических испытаний в Бразилии, Турции, Бангладеш и Индонезии, помимо Китая, с целью соблюдения «принципов конфиденциальности, достоинства права человека и защита участников».
 Минздрав Бразилии дает знать, что вроде бы вакцина тут к смерти ни при чем (но как бы рановато  о таком говорить,разве что волонтера сбила машина?)
Так же они уверяют, что  у вакцинированных хорошо вырабатываются антитела ( как по мне- если начали 20го,  то как бы и рановато говорить про эффективность)
В то же время Китай активно прививает своих жителей.
Однако- есть нюанс- в отличие о Китая, в Бразилии активно идет эпидемия, и бразильцы, участвующие в трейле, могут  контактировать с возбудителем.
Будем ждать, что еще выяснится.

Рука руку моет

Ну, то что трамп не собирается расставаться с президентством- он и сам заявлял, и  все к тому шло.
В тюрьму же не хочется.
Да и тем,  у кого рыльце в пушку, ну очень удобно, что страной рулит такой придурок, как трамп. Так выгодно проворачивать свои делишки.
Все эти дикие вопли про украденные голоса, вбросы, нарушения, голосования нелегалов и мертвецов по почте, что недопускали контролеров смотреть подсчет и тд - совершенно голословные, но при этом вредоносные- просто отравляют нормальное существование страны.
Банановая республика, а не США.
Скорее бы окончился этот постыдный цирк.
Но, в копилку - еще один шаг "карманного судьи" Барра, который вместо того, чтоб нормально выполнять свою работу- является негласным адвокатом и оправдателем трампа,  благодаря которому, в том числе,  занял место U.S. Attorney General.

"Attorney General William Barr has authorized federal prosecutors across the U.S. to pursue “substantial allegations” of voting irregularities, if they exist, before the 2020 presidential election is certified, despite no evidence of widespread fraud."
Ну, и туда же
Senate Majority Leader Mitch McConnell on Monday declined to acknowledge President-elect Joe Biden's victory and expressed support for President Donald Trump's denial of the 2020 election results.

Вот так оно и работает- ты мне, я тебе. "Лояльность по-коррупционному".