Динамика заразности омикрона
Jan. 15th, 2022 10:41 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
chuka_lisУченые из институтов Лиги плюща проверили, на сколько долго остаются заразными подхватившие омикрон или дельту. Критерий у них был такой: тк, в основном, когда для ПЦР определяет вирус ниже чем на 30 циклах, то вирус обычно культивировался из мазка, значит, мог и заражать. Когда больше чем 30 циклов нужно для детекции- то экстракты мазков, в основном, не заражали культуры. Так что заразными считали всех, у кого в ПЦР+ было менее 30 циклов.
Конкретный день, когда вирус попал в организм человека, им был не известен, потому отталкивались (для понимания динамики) от 1-2 дня до первого положительного ПЦР, как начала инфекционного периода. У них была когорта тех, кто тестировался почти ежедневно, или из-за симптоматичности, или изза контакта с больным (положительным), или потому, что надо было, заодно и выявили (тк когортой для исследования были, в течении полугода, с 5 июля 2021 по 10 января 2022, спортсмены-баскетболисты и ко, которые должны были соблюдать программу мониторинга по ковиду, для участия в тренировках и играх).
Штаммы вируса определяли тоже, может, и не для всех тестируемых, но для 107 случаев инфекции дельты и 97- омикрона, о которых и будет речь.
Дельта и омикрон показали весьма схожую динамику выделения.
Дельта призводилась в чуть большем количестве (средние "пиковые" занчения- 20 циклов ПЦР, в то время как для омикрона - 23 цикла), и выделялась на уровне 30 циклов (критерий заразности) чуть дольше: 11 дней, а не 10, как омикрон. Дельта выглядела количественно- заразнее омикрона.
С другой стороны, для омикрона был очень большой разброс в количестве выделяемого вируса и длительности заразности. Т.е были те, кто перестал выделять через день после первого ПЦР+, и те, у кого тянулось до 10 дней. В приницпе, на такой разброс в количестве и длительности мог повлиять имумнный статус (т.е прививка) тестируемых, который авторы не отслеживали, что могло приуменьшить.
Для обоих штаммов период выделения вируса (РНК) продолжался до 15 дней. После 15 дней было менее 40 циклов ПЦР. как только у человека было менее 40, дальше уже не следили, считали негативными.
Однако, вирус выделялся не всеми до 10 дня, или РНК до 15, а "вообще".
В среднем же, "очищение" для дельты было через 6 дней, а для омикрона-через 5, после первого положительного ПЦР-теста.
Динамика выделения вируса на уровне менее 30 циклов в группе- это некоторая кривая, с горбиком на 2-3 день после 1 положительного ПЦР, и плавным спадом до 10 дней.
Например, после первого положительного ПЦР с омикроном, через 2-3 дня, "заразны" были 2 из 3их, через 5 дней- заразен каждый второй. А через 6 дней -каждый 3-4, через 7 дней - каждый 5-6, а через 9-10 дней- только 1 из 10-20 или менее.
Но, конечно, это только "вероятности", тк циклы ПЦР не обязательно отражают заразность на 100%, да и влияют и другие факторы.
Авторы считают, что спустя 5 дня после положительного ПЦР, остается довольно большая группа тех, которые могут продолжать заражать других, так что их данные стоит учесть, при установлении правил изоляции "положительных на ковид" с целью предотвращения распространения вируса.
Background. The Omicron SARS-CoV-2 variant is responsible for a major wave of COVID-19, with record case counts reflecting high transmissibility and escape from prior immunity. Defining the time course of Omicron viral proliferation and clearance is crucial to inform isolation protocols aiming to minimize disease spread. Methods. We obtained longitudinal, quantitative RT-qPCR test results using combined anterior nares and oropharyngeal samples (n = 10,324) collected between July 5th, 2021 and January 10th, 2022 from the National Basketball Association's (NBA) occupational health program. We quantified the fraction of tests with PCR cycle threshold (Ct) values <30, chosen as a proxy for potential infectivity and antigen test positivity, on each day after first detection of suspected and confirmed Omicron infections, stratified by individuals detected under frequent testing protocols and those detected due to symptom onset or concern for contact with an infected individual. We quantified the duration of viral proliferation, clearance rate, and peak viral concentration for individuals with acute Omicron and Delta variant SARS-CoV-2 infections. Results. A total of 97 infections were confirmed or suspected to be from the Omicron variant and 107 from the Delta variant. Of 27 Omicron-infected individuals testing positive ≤1 day after a previous negative or inconclusive test, 52.0% (13/25) were PCR positive with Ct values <30 at day 5, 25.0% (6/24) at day 6, and 13.0% (3/23) on day 7 post detection. Of 70 Omicron-infected individuals detected ≥2 days after a previous negative or inconclusive test, 39.1% (25/64) were PCR positive with Ct values <30 at day 5, 33.3% (21/63) at day 6, and 22.2% (14/63) on day 7 post detection. Overall, Omicron infections featured a mean duration of 9.87 days (95% CI 8.83-10.9) relative to 10.9 days (95% CI 9.41-12.4) for Delta infections. The peak viral RNA based on Ct values was lower for Omicron infections than for Delta infections (Ct 23.3, 95% CI 22.4-24.3 for Omicron; Ct 20.5, 95% CI 19.2-21.8 for Delta) and the clearance phase was shorter for Omicron infections (5.35 days, 95% CI 4.78-6.00 for Omicron; 6.23 days, 95% CI 5.43-7.17 for Delta), though the rate of clearance was similar (3.13 Ct/day, 95% CI 2.75-3.54 for Omicron; 3.15 Ct/day, 95% CI 2.69-3.64 for Delta). Conclusions. While Omicron infections feature lower peak viral RNA and a shorter clearance phase than Delta infections on average, it is unclear to what extent these differences are attributable to more immunity in this largely vaccinated population or intrinsic characteristics of the Omicron variant. Further, these results suggest that Omicron's infectiousness may not be explained by higher viral load measured in the nose and mouth by RT-PCR. The substantial fraction of individuals with Ct values <30 at days 5 of infection, particularly in those detected due to symptom onset or concern for contact with an infected individual, underscores the heterogeneity of the infectious period, with implications for isolation policies.
Конкретный день, когда вирус попал в организм человека, им был не известен, потому отталкивались (для понимания динамики) от 1-2 дня до первого положительного ПЦР, как начала инфекционного периода. У них была когорта тех, кто тестировался почти ежедневно, или из-за симптоматичности, или изза контакта с больным (положительным), или потому, что надо было, заодно и выявили (тк когортой для исследования были, в течении полугода, с 5 июля 2021 по 10 января 2022, спортсмены-баскетболисты и ко, которые должны были соблюдать программу мониторинга по ковиду, для участия в тренировках и играх).
Штаммы вируса определяли тоже, может, и не для всех тестируемых, но для 107 случаев инфекции дельты и 97- омикрона, о которых и будет речь.
Дельта и омикрон показали весьма схожую динамику выделения.
Дельта призводилась в чуть большем количестве (средние "пиковые" занчения- 20 циклов ПЦР, в то время как для омикрона - 23 цикла), и выделялась на уровне 30 циклов (критерий заразности) чуть дольше: 11 дней, а не 10, как омикрон. Дельта выглядела количественно- заразнее омикрона.
С другой стороны, для омикрона был очень большой разброс в количестве выделяемого вируса и длительности заразности. Т.е были те, кто перестал выделять через день после первого ПЦР+, и те, у кого тянулось до 10 дней. В приницпе, на такой разброс в количестве и длительности мог повлиять имумнный статус (т.е прививка) тестируемых, который авторы не отслеживали, что могло приуменьшить.
Для обоих штаммов период выделения вируса (РНК) продолжался до 15 дней. После 15 дней было менее 40 циклов ПЦР. как только у человека было менее 40, дальше уже не следили, считали негативными.
Однако, вирус выделялся не всеми до 10 дня, или РНК до 15, а "вообще".
В среднем же, "очищение" для дельты было через 6 дней, а для омикрона-через 5, после первого положительного ПЦР-теста.
Динамика выделения вируса на уровне менее 30 циклов в группе- это некоторая кривая, с горбиком на 2-3 день после 1 положительного ПЦР, и плавным спадом до 10 дней.
Например, после первого положительного ПЦР с омикроном, через 2-3 дня, "заразны" были 2 из 3их, через 5 дней- заразен каждый второй. А через 6 дней -каждый 3-4, через 7 дней - каждый 5-6, а через 9-10 дней- только 1 из 10-20 или менее.
Но, конечно, это только "вероятности", тк циклы ПЦР не обязательно отражают заразность на 100%, да и влияют и другие факторы.
Авторы считают, что спустя 5 дня после положительного ПЦР, остается довольно большая группа тех, которые могут продолжать заражать других, так что их данные стоит учесть, при установлении правил изоляции "положительных на ковид" с целью предотвращения распространения вируса.
Background. The Omicron SARS-CoV-2 variant is responsible for a major wave of COVID-19, with record case counts reflecting high transmissibility and escape from prior immunity. Defining the time course of Omicron viral proliferation and clearance is crucial to inform isolation protocols aiming to minimize disease spread. Methods. We obtained longitudinal, quantitative RT-qPCR test results using combined anterior nares and oropharyngeal samples (n = 10,324) collected between July 5th, 2021 and January 10th, 2022 from the National Basketball Association's (NBA) occupational health program. We quantified the fraction of tests with PCR cycle threshold (Ct) values <30, chosen as a proxy for potential infectivity and antigen test positivity, on each day after first detection of suspected and confirmed Omicron infections, stratified by individuals detected under frequent testing protocols and those detected due to symptom onset or concern for contact with an infected individual. We quantified the duration of viral proliferation, clearance rate, and peak viral concentration for individuals with acute Omicron and Delta variant SARS-CoV-2 infections. Results. A total of 97 infections were confirmed or suspected to be from the Omicron variant and 107 from the Delta variant. Of 27 Omicron-infected individuals testing positive ≤1 day after a previous negative or inconclusive test, 52.0% (13/25) were PCR positive with Ct values <30 at day 5, 25.0% (6/24) at day 6, and 13.0% (3/23) on day 7 post detection. Of 70 Omicron-infected individuals detected ≥2 days after a previous negative or inconclusive test, 39.1% (25/64) were PCR positive with Ct values <30 at day 5, 33.3% (21/63) at day 6, and 22.2% (14/63) on day 7 post detection. Overall, Omicron infections featured a mean duration of 9.87 days (95% CI 8.83-10.9) relative to 10.9 days (95% CI 9.41-12.4) for Delta infections. The peak viral RNA based on Ct values was lower for Omicron infections than for Delta infections (Ct 23.3, 95% CI 22.4-24.3 for Omicron; Ct 20.5, 95% CI 19.2-21.8 for Delta) and the clearance phase was shorter for Omicron infections (5.35 days, 95% CI 4.78-6.00 for Omicron; 6.23 days, 95% CI 5.43-7.17 for Delta), though the rate of clearance was similar (3.13 Ct/day, 95% CI 2.75-3.54 for Omicron; 3.15 Ct/day, 95% CI 2.69-3.64 for Delta). Conclusions. While Omicron infections feature lower peak viral RNA and a shorter clearance phase than Delta infections on average, it is unclear to what extent these differences are attributable to more immunity in this largely vaccinated population or intrinsic characteristics of the Omicron variant. Further, these results suggest that Omicron's infectiousness may not be explained by higher viral load measured in the nose and mouth by RT-PCR. The substantial fraction of individuals with Ct values <30 at days 5 of infection, particularly in those detected due to symptom onset or concern for contact with an infected individual, underscores the heterogeneity of the infectious period, with implications for isolation policies.
![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
no subject
Date: 2022-01-16 09:54 pm (UTC)