Дельтовские пробои в Нью Йорке

[chuka_lis]

Авторы анализируют  распространение дельты в НЙ летом 2021 года, особенности  ее мутаций и течения болезни, и приходят к выводу, что после взвешивания факторов, могущих оказывать влияние на заболеваемость (% привитых, время после вакцинации,  частота встречаемости штамма,  его эволюция, количество пробоев, этс)- что кода дельта стала доминировать, частота заражаемости дельтой среди привитых выросла примерно так же, как и среди непривитых.  Это показатель того, что дельта- высокозаразна сама по себе. Однако, непривитые болели тяжелее привитых.
Около 45% пробоев с дельтой были асимптоматичными.
При этом, для ковида с дельтой характерными оказались более молодой возраст, меньшая частота госпитализаций, меньшая смертность, выскоие выделения вируса не зависимо от симптоматичности (и для привитых, и нет).
Отмечена некоторая тенденция положительного эволюционного отбора- для тех штаммов дельты, что пробили защиту,  были характерны определенные мутации- в шипике это S112L (3 субъединица) и 2 мутации в  F192V в nsp12 (ген РНК зависимой РНК полимеразы). Так же были мутации, указывающие что белки ORF3 и  ORF8  тоже могут "отбираться" ( 7 доп. мутаций) у "пробойных" вариантов.

In 2021, Delta has become the predominant SARS-CoV-2 variant worldwide. While vaccines effectively prevent COVID-19 hospitalization and death, vaccine breakthrough infections increasingly occur. The precise role of clinical and genomic determinants in Delta infections is not known, and whether they contribute to increased rates of breakthrough infections compared to unvaccinated controls. Here, we show a steep and near complete replacement of circulating variants with Delta between May and August 2021 in metropolitan New York. We observed an increase of the Delta sublineage AY.25, its spike mutation S112L, and nsp12 mutation F192V in breakthroughs. Delta infections were associated with younger age and lower hospitalization rates than Alpha. Delta breakthroughs increased significantly with time since vaccination, and, after adjusting for confounders, they rose at similar rates as in unvaccinated individuals. Our data indicate a limited impact of vaccine escape in favor of Delta's increased epidemic growth in times of waning vaccine protection.
Тhe comparative spi ke mutation ana lysis exc l usive for  the subse t of Delta s equences c onfi rmed S112L as the only sub stantia lly en riched mu tation among Delta breakthroughs (p<0.05, Fig. S5 and Table S5). The S112L mutation locates  at the sur face-exposed top par t of NTD, one of  the  major antigenic regions of  the spik e p rotein.
Two mutations were enrich ed in  breakthrough sequences compared to  unvaccina te d control s, which, besides spi ke mutation S112L included mutation F192V in nsp12, the RNA-dependent RNA polymerase ( RdRp) gen e.
The resu lts ind icate  tha t beyond th e spike  S112L and nsp12 F192V mutations, ORF3 and ORF8 might be under selec tive immune pressure in D elta.