Неприятный омикрон
Dec. 8th, 2021 04:27 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
chuka_lisНовость от немцев, которая показывает, что омикрон будет серьезным противником.
Известно, что этот штамм характеризуется большим количеством мутаций (только в шипике 30 не синонимичных замен аминокислот, а еще есть выпадения и вставки там же), часть из которых- кластерные. В РСЧ части шипика, ответственной за связывание с АСЕ2- 15 мутаций, что довольно много. Конечно, некоторые из этих мутаций уже встречались в других вариантах вируса (вызывающих интерес или озабоченность) по отдельности, и предположительно, повышают заразность вируса (как у альфы и дельты) и его способность уходить от уже имеющегося иммунного ответа (как у беты и мю). Роли других мутаций еще под вопросом. И не исключен синергичный эффект всех этих изменений.
Для того, чтоб оценить, на сколько имеющийся иммунитет (от болезни или прививки) может защитить от инфекции, авторами работы были поставлены эксперименты в пробирке- брали сыворотку крови от привитых (модерной или файзером, или астразенекой, включая бустер, и спустя разное время после прививки), переболевших, и переболевших и привитых.
Оценивали нейтрализующую активность антител (50% нейтрализация).
Так же проверили, на сколько хорошо связываются с омикроном (вирус взяли у приехавшего из Африки и размножили в культуре) и моноклональные антитела, которые сейчас используются для терапии при ковиде- casirivimab и imdevimab.
Результаты оказались неутешительными.
Нейтрализующая активность сыворотки привитых против омикрона- низкая.
Чем дольше после прививки, тем ниже.
Спустя 6 мес после привики, антитела защищали от дельты на 47% (после файзера), на 50%(после модерны), или на 21% (после астра зенеки), но на- 0% для всех типов вакцин- от омикрона.
В период 2 недели после 2 дозы (данные только по файзеру)- прививка защищала от дельты на 100%, от омикрона на 58%, через 3 месяца, от дельты 95%, от омикрона- на 25%.
Если человек болел и привился, или привился и потом болел- нейтрализующая аткивность от дельты была 85%, от омикрона- 29% (данные только для прививки файзером).
Если кто привился модерной (2 дозы), а потом получил бустер файзер, то через 2 недели после бустера, дельта нейтрализовалась на 100%, а омикрон -на 78%.
Для привитых астра-зенкой, то если бустировать файзером- тогда через 2 недели после бустера, защищала на 88% от дельты и на 38% от омикрона.
Печальным оказалось то, что терапевтические моноклональные антитела - омикрон "не брали" в используемых концентрациях (которые отлично работали для дельты).
Так что, скоре всего, для лечения ковида с омикроном нужны будут другие моноклональные препараты, и надо будет проверять на то, какой штамм, перед тем как лечить антителами.
The SARS-CoV-2 variant Omicron was first identified in South Africa on November 9, 2021. Due to numerous mutations in the spike protein (S), which is the antigenic target of vaccine-elicited antibodies, Omicron raises serious concerns of a significant reduction in vaccine efficacy and an increased risk of reinfection1. Compared to the parental variant (B.1), Omicron S has 30 non-synonymous substitutions, three small deletions and an insertion (Supplementary Figure 1, Supplementary Tables 1-3). Fifteen of these mutations are in the receptor-binding domain (RBD), a major target of neutralizing antibodies (NAbs)2. Several of the S mutations observed in Omicron were reported in preceding variants of concern (VoCs) like Alpha, Beta, Gamma and Delta as well as variants of interest such as Kappa, Zeta, Lambda and Mu (Supplementary Table 3) that were associated with higher transmissibility and immune escape. So far, Beta and Mu had the most severe immune evading capacities3,4. Due to the high accumulation of these mutations in Omicron S, synergistic effects are expected and it is unclear whether prior immunity protects against re-infections. To evaluate the protective capacity, antibody-mediated neutralization efficacy against authentic SARS-CoV-2 Omicron was determined in vitro using an isolate obtained from a double 1273-mRNA-vaccinated travel returnee from Zimbabwe and compared to Delta. Neutralization performed with sera from double (no-booster) or triple BNT162b2-vaccinated (sampled 0.5 or 6 months after boosting) revealed an 11.4-, 37.0- and 24.5-fold reduction, respectively (Figure 1A). Sera from double mRNA1273-vaccinated (no-booster) and additionally BNT162b2-booster (sampled 0.5 or 6 months after booster vaccination) showed a 20- and 22.7-fold reduction in the neutralization capacity (Figure 1B). Poor neutralization against Delta and no efficacy against Omicron were observed using sera from heterologous ChAdOx1 and BNT162b2 vaccinated individuals (Figure 1C). Additionally, the BNT162b2-booster group showed a significant increase of NAb titers but a 27.1-fold reduction in neutralization against Omicron. (Figure 1C). Convalescent sera poorly neutralize VoCs, however in combination with vaccination provides superior protection. Neutralization of Omicron was 32.8-fold reduced using sera from double BNT162b2-vaccinated and infected individuals (Figure 1A). The currently used monoclonal antibodies imdevimab and casirivimab efficiently prevented Delta infection, however, possibly as a consequence of amino acid substitutions5 failed to neutralize Omicron (Figure 1D). In contrast to the currently circulating Delta variant, neutralization efficacy of vaccine-elicited sera against Omicron was severely reduced highlighting T-cell mediated immunity as essential barrier to prevent severe COVID-19. Since Omicron was resistant to casirivimab and imdevimab SARS-CoV-2 genotyping may be needed before initiating mAb treatment. Variant-specific vaccines and mAb agents may be required to treat COVID-19 with emerging variants of concern.
Известно, что этот штамм характеризуется большим количеством мутаций (только в шипике 30 не синонимичных замен аминокислот, а еще есть выпадения и вставки там же), часть из которых- кластерные. В РСЧ части шипика, ответственной за связывание с АСЕ2- 15 мутаций, что довольно много. Конечно, некоторые из этих мутаций уже встречались в других вариантах вируса (вызывающих интерес или озабоченность) по отдельности, и предположительно, повышают заразность вируса (как у альфы и дельты) и его способность уходить от уже имеющегося иммунного ответа (как у беты и мю). Роли других мутаций еще под вопросом. И не исключен синергичный эффект всех этих изменений.
Для того, чтоб оценить, на сколько имеющийся иммунитет (от болезни или прививки) может защитить от инфекции, авторами работы были поставлены эксперименты в пробирке- брали сыворотку крови от привитых (модерной или файзером, или астразенекой, включая бустер, и спустя разное время после прививки), переболевших, и переболевших и привитых.
Оценивали нейтрализующую активность антител (50% нейтрализация).
Так же проверили, на сколько хорошо связываются с омикроном (вирус взяли у приехавшего из Африки и размножили в культуре) и моноклональные антитела, которые сейчас используются для терапии при ковиде- casirivimab и imdevimab.
Результаты оказались неутешительными.
Нейтрализующая активность сыворотки привитых против омикрона- низкая.
Чем дольше после прививки, тем ниже.
Спустя 6 мес после привики, антитела защищали от дельты на 47% (после файзера), на 50%(после модерны), или на 21% (после астра зенеки), но на- 0% для всех типов вакцин- от омикрона.
В период 2 недели после 2 дозы (данные только по файзеру)- прививка защищала от дельты на 100%, от омикрона на 58%, через 3 месяца, от дельты 95%, от омикрона- на 25%.
Если человек болел и привился, или привился и потом болел- нейтрализующая аткивность от дельты была 85%, от омикрона- 29% (данные только для прививки файзером).
Если кто привился модерной (2 дозы), а потом получил бустер файзер, то через 2 недели после бустера, дельта нейтрализовалась на 100%, а омикрон -на 78%.
Для привитых астра-зенкой, то если бустировать файзером- тогда через 2 недели после бустера, защищала на 88% от дельты и на 38% от омикрона.
Печальным оказалось то, что терапевтические моноклональные антитела - омикрон "не брали" в используемых концентрациях (которые отлично работали для дельты).
Так что, скоре всего, для лечения ковида с омикроном нужны будут другие моноклональные препараты, и надо будет проверять на то, какой штамм, перед тем как лечить антителами.
The SARS-CoV-2 variant Omicron was first identified in South Africa on November 9, 2021. Due to numerous mutations in the spike protein (S), which is the antigenic target of vaccine-elicited antibodies, Omicron raises serious concerns of a significant reduction in vaccine efficacy and an increased risk of reinfection1. Compared to the parental variant (B.1), Omicron S has 30 non-synonymous substitutions, three small deletions and an insertion (Supplementary Figure 1, Supplementary Tables 1-3). Fifteen of these mutations are in the receptor-binding domain (RBD), a major target of neutralizing antibodies (NAbs)2. Several of the S mutations observed in Omicron were reported in preceding variants of concern (VoCs) like Alpha, Beta, Gamma and Delta as well as variants of interest such as Kappa, Zeta, Lambda and Mu (Supplementary Table 3) that were associated with higher transmissibility and immune escape. So far, Beta and Mu had the most severe immune evading capacities3,4. Due to the high accumulation of these mutations in Omicron S, synergistic effects are expected and it is unclear whether prior immunity protects against re-infections. To evaluate the protective capacity, antibody-mediated neutralization efficacy against authentic SARS-CoV-2 Omicron was determined in vitro using an isolate obtained from a double 1273-mRNA-vaccinated travel returnee from Zimbabwe and compared to Delta. Neutralization performed with sera from double (no-booster) or triple BNT162b2-vaccinated (sampled 0.5 or 6 months after boosting) revealed an 11.4-, 37.0- and 24.5-fold reduction, respectively (Figure 1A). Sera from double mRNA1273-vaccinated (no-booster) and additionally BNT162b2-booster (sampled 0.5 or 6 months after booster vaccination) showed a 20- and 22.7-fold reduction in the neutralization capacity (Figure 1B). Poor neutralization against Delta and no efficacy against Omicron were observed using sera from heterologous ChAdOx1 and BNT162b2 vaccinated individuals (Figure 1C). Additionally, the BNT162b2-booster group showed a significant increase of NAb titers but a 27.1-fold reduction in neutralization against Omicron. (Figure 1C). Convalescent sera poorly neutralize VoCs, however in combination with vaccination provides superior protection. Neutralization of Omicron was 32.8-fold reduced using sera from double BNT162b2-vaccinated and infected individuals (Figure 1A). The currently used monoclonal antibodies imdevimab and casirivimab efficiently prevented Delta infection, however, possibly as a consequence of amino acid substitutions5 failed to neutralize Omicron (Figure 1D). In contrast to the currently circulating Delta variant, neutralization efficacy of vaccine-elicited sera against Omicron was severely reduced highlighting T-cell mediated immunity as essential barrier to prevent severe COVID-19. Since Omicron was resistant to casirivimab and imdevimab SARS-CoV-2 genotyping may be needed before initiating mAb treatment. Variant-specific vaccines and mAb agents may be required to treat COVID-19 with emerging variants of concern.
![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
no subject
Date: 2021-12-09 06:40 am (UTC)no subject
Date: 2021-12-09 06:55 am (UTC)но кто знает, может, когда будет популяционный иммунитет повыше, выйдет на зимний (или какой другой) сезон ковида, один в году?
И поскольку стерильного иммунитета нет, то, может и будут "предсказывать" и делать вакцины заранее. но все же чуть другая ситуация с коронавирусом чем с гриппом, по предсказаниям.
пока, во всяком случае.