Английские пробои- когортное исследование

[chuka_lis]

В Великобритании на сентябрь 2021 было полностью привито (14 дней+ после 2 дозы) от ковида  75.2% тех, кто старше 16 лет.
Ретроспективный анализ (на основе базы данных penSAFELY-TPP) заболеваемости ковидом после прививки показал, что среди более чем 10 млн полностью привитых  (10,782,870) протестировалось на ковид 1.9 млн человек, а заболело (положительный тест) -  17 030 (0.2%) . Среди них в госпитализации нуждались 955 человек (0.7% из пробоев), и которых умерли около 180 (0.12%) (авторы пишут 145, но в таблице -данные другие).
В среднем, заболевшие тестировались на ковид примерно через полтора месяца после прививки. Частота пробоев была выше в группе тех, кому от 16 до 50, чем тех, кому 80+, в 6раз,  среди женщин- слегка выше чем среди мужчин, среди этнических меньшинств- несколько выше чем среди "белых", среди тех, кто нуждается- тоже выше, чем среди беспроблемных.
Интересно, что что частота положительных тестов  спустя 0-4 недели после полной прививки была выше в 3.5, чем 12+ недель после прививки.
Из тех, кто нуждался в госпитализации, среднее время, проведенное в больнице с ковидом было 33 дня.
Если человек  с ковидным пробоем  заболевал тяжело, то среди тех, кто от 16 до 50 лет, госпитализации случались в 8 раз реже, чем среди тех, кому за 80. Шансы на госпитализацию самые высокие были у тех, у кого была иммуносупрессивная терапия (после пересадки органа или ввиду рака крови).
Среди тех, кто умер от ковида после пробоя- 63% были старше 80 лет. Из тех кому до 60, умерло менее 8 человек.  Для тех стариков, кто жил в доме престарелых, риски смерти были в 5 раз выше,  чем для тех, кто жил приватно.
Имеющиеся хронические заболевания почек, иммунокомпромиссность или легочные заболеваня так же повышали риски госпитализации при пробое.
Если человек привился недавно, его шансы на госпитализацию ввиду пробоя были самые низкие, но со временем (более 3 мес)- риски подростали.
Большинство из получивших ковидные пробои -имели хронические проблемы со здоровьем. Чаще всего- это были люди, имевшие пересадку почки в прошлом, пересадку другого органа, злокачественное новобразование крови, или были иммунокомпромиссными (например, после спленоктэмии итп).
Авторы отмечают, что хотя большинство случаев пробоев- умеренной тяжести и они не то чтобы частые, нужны дальнейшие исследования для выявления групп риска пробоев..
Background While the vaccines against COVID-19 are considered to be highly effective, COVID-19 vaccine breakthrough is likely and a small number of people will still fall ill, be hospitalised, or die from COVID-19, despite being fully vaccinated. With the continued increase in numbers of positive SARS-CoV-2 tests, describing the characters of individuals who have experienced a COVID-19 vaccine breakthrough could be hugely important in helping to determine who may be at greatest risk. Method We conducted a retrospective cohort study using routine clinical data from the OpenSAFELY TPP database of fully vaccinated individuals, linked to secondary care and death registry data, and described the characteristics of those experiencing a COVID-19 vaccine breakthrough. Results As of 30th June 2021, a total of 10,782,870 individuals were identified as being fully vaccinated against COVID-19, with a median follow-up time of 43 days (IQR: 23-64). From within this population, a total of 16,815 (0.1%) individuals reported a positive SARS-CoV-2 test. For every 1000 years of patient follow-up time, the corresponding incidence rate was ​​12.33 (95% CI 12.14-12.51). There were 955 COVID-19 hospital admissions and 145 COVID-19-related deaths; corresponding incidence rates of 0.70 (95% CI 0.65-0.74) and 0.12 (95% CI 0.1-0.14), respectively. When broken down by the initial priority group, higher rates of hospitalisation and death were seen in those in care homes. Comorbidities with the highest rates of breakthrough COVID-19 included renal replacement therapy, organ transplant, haematological malignancy, and immunocompromised. Conclusion The majority of COVID-19 vaccine breakthrough cases in England were mild with relatively few fully vaccinated individuals being hospitalised or dying as a result. However, some concerning differences in rates of breakthrough cases were identified in several clinical and demographic groups, The continued increase in numbers of positive SARS-CoV-2 tests are concerning and, as numbers of fully vaccinated individuals increases and follow-up time lengthens, so too will the number of COVID-19 breakthrough cases. Additional analyses, aimed at identifying individuals at higher risk, are therefore required.

Comments

[proben]

Несколько смущает, что они не делают оценки количества легко или безсимптомно заболевших, но не тестировавшихся.

[chuka_lis]

можно наверное найти данные какая была заболеваемость\госпитализация\смертность в то время у них вообще.
но навскидку, если у них из 11 млн с декабря 2020 до 30 июня 2021 заболело 17 тыс и умерло 180 человек- это меньше, чем среди непривитых за предыдущий год в то же время, даже если умножить на население страны.

[proben]

Хотелось бы увидеть насколько вакцинация снижает заражаемость. И соответственно, распространение. Но этой информации нет без оценки того, сколько вакцинированных переболело легко не проходя тестирование.

[chuka_lis]

а чем не подходит вордометр? возьмите период с января до конца июля, и посчитайте.

[proben]

Видимо, я чего-то недопонимаю. Как мне поможет вордометр?

По не вакцинированным есть оценки сколько заражается включая безсимптомных. Довольно грубые но есть.
После вакцинации заражаться должны меньше как ожидается. Но чтобы оценить насколько меньше, нужно сложить количество переболевших и протестированных и количество переболевших не тестированных. При этом, только среди вакцинированных.

[chuka_lis]

наверное, недопонимаете..
сравнивать надо положительные ПЦР среди всех и среди вакцинированных, за примерно тот же период времени.
например:
допустим, в стране 50 млн тех кому старше 16.
известно, что с января до июль среди 10 млн привитых заболело 10 тыс. (ПЦР+)
заболеваемость будет 10 тыс\10 млн.
Известно, что вообще за это время в стране заболело 70 тыс.
в то время как общая забоелваемость будет 70 тыс\50 млн, ориентирвочная среди непривитых будет 70-10 тыс\ 50-10 млн=60 тыс\40 млн.
ну, еще желательно отнять заболевших детей (тех кто до 16), тоже можно найти, сколько % из ковидных- дети и подростки.
слабосимптомыне есть и там и там. и тестируются не все поголовнои там и там.

[proben]

> сравнивать надо положительные ПЦР среди всех и среди вакцинированных
Это, как-раз, я понимаю. Это сравнение количества breakthrough как они его определяют.

Однако, это не дает общего числа зараженных (и распространяющих), так как не учитывает тех, кто не делал пцр отнеся ковид к легкой простуде. При этом, приблизительное число легко зараженных не привитых в каких-то исследованиях попадалось. А вот, по привитым я такой информации не встречал.

Я не уверен, что корректно отбросить не тестированных с обоих сторон. Это было бы корректно при предположении, что процент очень легких после вакцинации сохраняется. Но есть ли тому подтверждения?
Почему бы не предположить, что в результате вакцинации потенциальный больной переместился из группы протестированных больных в группу очень легких не тестированных. В то же время, легкие не вакцинированные остались такими же легкими после вакцинации. Что означало бы, что рейт заражения среди вакцинированных сохраняется такой же, как и до вакцинации. Ясно, что это не так благодаря высокому уровню антител в первые месяцы после прививки, но цифр все-таки нет.

[chuka_lis]

это дает представление, как это происходит в популяции вакцинированных, по сравнению с популяцеей непривитых.
остальные факторы являются "неизвестными" для обоих популяций. не то чтобы совсем уж верно ими пренебречь, с точки зрения перфекционизма, или строгой науки.
но базовое предположение: что это количество легкосимптоматичных и не тестирующихся, в случае насморка, или головной боли, примерно одинаковое (пропорционально) что там, что там, с небольшим перекосом в сторону непривитых (тк этот фактор не особо зависит от прививки, а обусловлен другими социоэкономичесикми условиями, и вся популяция проживает в одной стране, где они похожи).
Конечно может еще дальше искать- сравнить количество тех кто тетсируется в обоих популяциях- для привитых это было 2 млн тестов на 11 млн, с 0.1% позитивности. можно поискать-найти сколько сделали тестов вообще в стране те кто старше 16 лет, и посмотреть их % позитивности. Для сравнения с США- так это очевидно выше чем доли процента, тут хорошим считается уровень когда позитивность тестов ниже 3%, и мы знаем что среди непривитых она была до 20%.
так что смотря какие у вас цели. исходя из моего понимания - при желании, остальную информацию, в приблизительных цифрах, для сравнения, вы можете найти в других местах.
и разница заражаемости и заболеваемости, и пр, будет прмерно на порядок (по грубой прикидке).

[proben]

Спасибо. Вероятно вы правы и оценочно получить эти данные можно.

[chuka_lis]

есть другая статья, там вот что:
Understanding COVID-19 trajectories from a nationwide linked electronic health record cohort of 56 million people: phenotypes, severity, waves & vaccination
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.08.21265312v1.full.pdf
Cohort study of 56.6 million people in England alive on 23/01/2020, followed until 31/05/2021, using eight linked national datasets spanning COVID-19 testing, vaccination, primary & secondary care and death registrations data. We defined ten COVID-19 phenotypes reflecting clinically relevant stages of disease severity using a combination of international clinical terminologies (e.g. SNOMED-CT, ICD-10) and bespoke data fields; positive test, primary care diagnosis, hospitalisation, critical care (four phenotypes), and death (three phenotypes). Using these phenotypes, we constructed patient trajectories illustrating the transition frequency and duration between phenotypes. Analyses were stratified by pandemic waves and vaccination status. Findings: We identified 3,469,528 infected individuals (6.1%) with 8,825,738 recorded COVID-19 phenotypes. Of these, 364,260 (11%) were hospitalised and 140,908 (4%) died. Of those hospitalised, 38,072 (10%) were admitted to intensive care (ICU), 54,026 (15%) received non-invasive ventilation and 21,404 (6%) invasive ventilation. Amongst hospitalised patients, first wave mortality (30%) was higher than the second (23%) in non-ICU settings, but remained unchanged for ICU patients. The highest mortality was for patients receiving critical care outside of ICU in wave 1 (51%). 13,083 (9%) COVID-19 related deaths occurred without diagnoses on the death certificate, but within 30 days of a positive test while 10,403 (7%) of cases were identified from mortality data alone with no prior phenotypes recorded. We observed longer patient trajectories in the second pandemic wave compared to the first.
вобщем, с теми долями процентов среди привитых- несопоставимо.

[proben]

Ну вот, а как быть с той публикацией в nature, утверждавшей, что основная масса переболела не попав в статистику? При таком раскладе не факт, что цифры не сопоставимы.

Nearly one-third of the entire U.S. population had been infected with COVID-19 by the end of 2020 — a much higher rate of infection than previously known, a new study has found.

The study, which was conducted by researchers at Columbia University’s Mailman School of Public Health and published in the journal Nature on Thursday, reveals that 103 million Americans, or 31% of the population, had been infected by December 2020 — and that the rate of infection in New York City at the time was even higher at 44%.

“The vast majority of infectious were not accounted for by the number of confirmed cases,” said Jeffrey Shaman, one of the report’s researchers and a professor of environmental health sciences at the Mailman School. “It is these undocumented cases, which are often mild or asymptomatic infectious, that allow the virus to spread quickly through the broader population.”

[chuka_lis]

одни цифры расчетные, другие реальные.
в самом деле, как быть.
что ограничит полет фантазии?

[proben]

Не думаю, что кто-то кроме маргиналов пытается оспаривать снижение заражаемости при высоком уровне антител после прививки в сравнении с не вакцинированным не болевшим, но сравнительные рейты без оценки неучтенных зараженных, все-таки, остаются дискуссионными.

[chuka_lis]

positivity rate среди тех кто тестируется из привитыхи непривитых- Вам ни о чем не говорит?

[proben]

Говорит, конечно. Особенно если известен рейт позитивности среди тех, кто тестировался не по медицинским показаниям. Такая информация, вероятно, доступна в сырых данных.