Следите за руками
May. 24th, 2021 04:24 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
chuka_lisНапоминает игру в наперстки.
Позиция СДС по вопросу на счет инфекционности, да и диагностирования случаев ковида среди полностью привтых, отличается от таковой для непривитых граждан США.
К привитым требования почему-то меньше: для того, чтоб они считались инфицированными коронавирусом, и заразными, ПЦР циклы в тесте у них должен быть не более 28. Об этом есть специальные инструкции лабораториям.
(Clinical specimens for sequencing should have an RT-PCR Ct value ≤28. )
Разумеется, те из привитых, у кого, допустим, 28-33 цикла, точно так же инфицированы, и могут передать вирус окружающим, хотя, возможно, чуть реже или чуть меньше. По сути они ничем не отличаются от тех, кто не прививался, и имеет асимптоматичный или малосимптоматичный ковид, и представляют опасность для окружения- точно такую же. При этом, если привитый человек контактировал с ковидным, тестировать привитого, согласно новым рекомендациям СДС, "не нужно", ну, пока у него не будет выраженных ковидных симптомов.
Вообще, обычно в ПЦР тесте определяют "положительность" на ковид при пороге около 35 циклов, а для некоммерческих тестов для САРС2 это может быть и до 40. Чем выше число циклов- тем меньше вируса в образце (в конкретном образце, а не вообще у человека итп). Однако, количество вируса в образце может варьировать в зависмости как от дня болезни или заразности, продукции вируса, так и от времени суток, да и от того, как и кем взят мазок. И вообще, умеренно коррелирует с заразностью или количеством вируса, которое выделяет пациент. А иногда и я тяжестью симптоматики тоже не особо связано. У того ж СДС:
A Ct value does not indicate how much virus is present, but only whether or not viral genetic material was detected at a defined threshold. RT-PCR tests can be either qualitative or quantitative, and this affects how a Ct value is interpreted. As of October 23, 2020, all diagnostic RT-PCR tests that had received a U.S. Food and Drug Administration (FDA) Emergency Use Authorization (EUA) for SARS-CoV-2 testing were qualitative tests.n a qualitative RT-PCR test, known amounts of virus are used during the development of the test to determine what Ct values are associated with positive and negative specimens. A Ct value is generated when testing a patient specimen. The Ct value is interpreted as positive or negative but cannot be used to determine how much virus is present in an individual patient specimen.Ct values should not be used to determine a patient’s viral load, how infectious a person may be, or when a person can be released from isolation or quarantine.
An RT-PCR test uses multiple repeating amplification cycles to create more and more copies of the virus’ genetic material. Specimens with lower amounts of virus will require more cycles to amplify that genetic material to reach an amount that can be detected, resulting in a higher Ct value. Thus, there is a correlation between the Ct value and the amount of starting viral genetic material that was present in the specimen.
For both qualitative and quantitative RT-PCR assays, the correlation between Ct values and the amount of virus in the original specimen is imperfect. It is therefore problematic to infer any relationship between an individual patient’s Ct value and their viral load. Ct values can also be affected by factors other than viral load. For example, if the specimen is not collected or stored properly or the specimen is collected early during the infection, the Ct value may be higher than it would be under ideal conditions. Thus, a high Ct value could also result from factors not related to the amount of virus in the specimen. The correlation between Ct and viral load can be used to evaluate data from groups of people and infer the difference in the relative amount of viral load between the two groups (e.g., between symptomatic and asymptomatic individuals).
Тк применяющиеся тесты- качественные, они показывают, есть или нет вирус в образце, и все. Искусственно снижая порог определения у лабораторного теста, просто убирается из реальной картины часть инфицированных. Для улучшения статистики, так сказать.
Двойной стандарт налицо.
Смотрим на результаты определения "порогов" положительности ПЦР теста от Абботт и параллельного культурирования вируса
и видим, что у тех, у кого не было симптомов, на уровне 28-30 циклов вирус вполне культивировался (те "живой"). И авторы считали, что их тест уже менее надежный после 33 циклов (ложно-положительность). Но вообще, прогоняли до 40 циклов. Никак не 28.
Каждый тест имеет свой "порог", но 28 циклов- это довольно низкий, и на мой взгляд- неоправданно низкий.
Кроме того, порог теста устанаваливается от компании -производителя, а не "диктуется" минздравом в угоду желаемому.
Смотрим документ от департмента здоровья Теннесси, где вполне внятно расписано что к чему ( в этом отношении сайт СДС оказывается не лучшим источником информации, увы)
Cycle threshold (Ct) is a numerical value generated during a RT-PCR test. It refers to the number of cycles needed for a sample to amplify and cross a threshold (cut-off) to be considered detected/positive.
Most RT-PCR tests use Ct cutoffs of 35-40 cycles, so any sample with a Ct value below the cutoff, would be considered a true positive.
Who determines the Ct cutoff?
The Ct cutoff is determined by the manufacturer of the test, not the state or laboratory performing the test. The cutoffs are
reviewed during the submission process for the FDA’s Emergency Use Authorization (EUA).
Once a test receives the EUA, the Ct cutoffs are set and cannot be changed by laboratories.
Not all test manufacturers use the same Ct cutoffs, each test differs based on how it is designed and what part of the SARS-CoV-2 genetic material it targets for detection. Test manufacturers establish the cutoffs based on evaluation of their test with known positive and negative samples.
Laboratories that perform clinical testing, including the Tennessee Public Health Laboratory (TN PHL) are federally regulated and always perform rigorous in-house evaluation and verification of each new assay before using it to test patient samples. This involves testing known positive and negative SARS-CoV-2 samples to ensure the test is working properly and not producing false results.
Есть публикация дискуссии, в которой для снижения ложнопозитивных результатов теста предлагается уровень 30-33 циклов как "пороговый", хотя и обговаривается, что для большинства исследователей и лабораторий используется сейчас 35-40 циклов, и даже 45.
Пороги для позитивного результата теста на ковид в лабораториях были до 40 циклов для большинства тестов (включая и разработанный СДС):
CDC- lab developed Real-time RT-PCR<40
Simplexa(Diasorin) Real-time RT-PCR<40
SBD Max (Becton Dickinson) Real-time RT-PCR<40
GeneXpert (Cepheid)Real-time RT-PCR<45
ETaqPath(Thermofisher)Real-time RT-PCR<37
Предложения от директора вирусологической клинической лаборатории НЙ госпиталя - "30-34: -это слабо-положительный тест".:
Proposed: Addition of Test Result Comments for positives Ct >30 to assist interpretation
•Low positive: This sample was positive with a Ct 30-34.9. A low positive can be seen either very early or later in infection, with suboptimal sample collection, or with lower respiratory tract disease.
•Very low positive: This sample was positive with aCt >35-39.9. A low positive can be seen either very early or later in infection, with suboptimal sample collection, or with lower respiratory tract disease.
•Borderline positive: This sample was positive with a Ct >40-44.9. A borderline positive is most likely due to recent past infection, but rarely could be a very early infection, or a false positive.
Как видим, это совсем не 28 циклов, рекомендованные СДС для привитых (все, что выше 28 циклов - "отрицательный тест").
Занятно, что такой двоякий подход СДС, кроме прочего, будет игнорировать приличную часть случаев инфекций ковида среди полностью привитых- т. к СДС сосредоточится ТОЛЬКО на случаях ковида, требующих госпитализации или случаях смерти.
As of May 1, 2021, CDC transitioned from monitoring all reported vaccine breakthrough cases to focus on identifying and investigating only hospitalized or fatal cases due to any cause. This shift will help maximize the quality of the data collected on cases of greatest clinical and public health importance.Previous case counts, which were last updated on April 26, 2021, are available for reference only and will not be updated moving forward.
Это манипулирование данными неизбежно приведет к тому, что в попуяции будут циркулировать и накапливаться новые штаммы (тк привитые будут и "здоровы" и "незаразны" (см. низкий порог детекции), могут везде бывать, и общаться со всеми (тк для них от федералов противоэпидемических ограничений нет, если они не симптоматично госпитализированы), и передавать вирус (если заразились)- пока вирус не попадет к кому-то уязвимому, где может реализовать свой потенциал в болезнь, да и мутировать тоже.
Оставляю в стороне, что используемые ПЦР тесты могут иногда и "не ловить" новые штаммы вируса (которые вполне могут "пробивать" имумнную защиту, полученную предыдущим ковидом или прививкой).
Так что, усилиями СДС получается картина интересная:
в апреле в США было около 9.2 тысяч случаев ковида среди полностью привитых (95 млн), а в мае стало уже около 1.9 тысячи на 123 млн привитых. Да, они пишут что 1.9 тыс это госпитализированных или умерших, но это все же мало показывает картину с пробоями иммунитета спустя время после прививки, и фактически слабо отражает заражаемость привитых, акцентируя только на эффективности вакцины для тяжести заболевания. И где людям брать информацию о заболеваемости привитых? Если их даже не проверяют? И из симптоматичных включают только госпитализиваронных?
Это хорошо, что прививка снижает тяжесть, но это отдельно от заражаемости и не тождественно предупреждению болезни. И не только тяжесть болезни определяет наличие эпидемии.
Может, конечно, пришло время вообще только случаи госпитализации и смерти при заражении коронавриусом считать ковидом, но тогда уж это должно быть одинаково что для привитых, что для непривитых. Без двойных стандартов.
И вообще, если так относится к ковиду (что только госпитализация и смерть будут учитываться)- то, допустим, и гриппом считать надо только тот уровень тяжести болезни, когда нужна госпитализация (с тестом, разумеется), или когда случается смерть.
И другие инфекционные болезни, аналогично. Ибо с какой стати, считать туберкулез тубрекулезом, и учитывать в статистике, и и бороться как-то, если с человек не лежал с ним в больнице? Долой всех больных с закрытой формой туберкулеза, и тем более "латентных", из статистики по заболеваемости. Только те, у кого культурируется микобактерия из мокроты- больны туберкулезом, и точка.
Ну и всякие там ОРЗ-ОРВИ, или гастроэнтериты, если не требуют госпитализации и не приводят к смерти - то и не болезни вовсе.
А просто люди так по-разному здоровы, когда сталкиваются в патогенами...
Позиция СДС по вопросу на счет инфекционности, да и диагностирования случаев ковида среди полностью привтых, отличается от таковой для непривитых граждан США.
К привитым требования почему-то меньше: для того, чтоб они считались инфицированными коронавирусом, и заразными, ПЦР циклы в тесте у них должен быть не более 28. Об этом есть специальные инструкции лабораториям.
(Clinical specimens for sequencing should have an RT-PCR Ct value ≤28. )
Разумеется, те из привитых, у кого, допустим, 28-33 цикла, точно так же инфицированы, и могут передать вирус окружающим, хотя, возможно, чуть реже или чуть меньше. По сути они ничем не отличаются от тех, кто не прививался, и имеет асимптоматичный или малосимптоматичный ковид, и представляют опасность для окружения- точно такую же. При этом, если привитый человек контактировал с ковидным, тестировать привитого, согласно новым рекомендациям СДС, "не нужно", ну, пока у него не будет выраженных ковидных симптомов.
Вообще, обычно в ПЦР тесте определяют "положительность" на ковид при пороге около 35 циклов, а для некоммерческих тестов для САРС2 это может быть и до 40. Чем выше число циклов- тем меньше вируса в образце (в конкретном образце, а не вообще у человека итп). Однако, количество вируса в образце может варьировать в зависмости как от дня болезни или заразности, продукции вируса, так и от времени суток, да и от того, как и кем взят мазок. И вообще, умеренно коррелирует с заразностью или количеством вируса, которое выделяет пациент. А иногда и я тяжестью симптоматики тоже не особо связано. У того ж СДС:
A Ct value does not indicate how much virus is present, but only whether or not viral genetic material was detected at a defined threshold. RT-PCR tests can be either qualitative or quantitative, and this affects how a Ct value is interpreted. As of October 23, 2020, all diagnostic RT-PCR tests that had received a U.S. Food and Drug Administration (FDA) Emergency Use Authorization (EUA) for SARS-CoV-2 testing were qualitative tests.n a qualitative RT-PCR test, known amounts of virus are used during the development of the test to determine what Ct values are associated with positive and negative specimens. A Ct value is generated when testing a patient specimen. The Ct value is interpreted as positive or negative but cannot be used to determine how much virus is present in an individual patient specimen.Ct values should not be used to determine a patient’s viral load, how infectious a person may be, or when a person can be released from isolation or quarantine.
An RT-PCR test uses multiple repeating amplification cycles to create more and more copies of the virus’ genetic material. Specimens with lower amounts of virus will require more cycles to amplify that genetic material to reach an amount that can be detected, resulting in a higher Ct value. Thus, there is a correlation between the Ct value and the amount of starting viral genetic material that was present in the specimen.
For both qualitative and quantitative RT-PCR assays, the correlation between Ct values and the amount of virus in the original specimen is imperfect. It is therefore problematic to infer any relationship between an individual patient’s Ct value and their viral load. Ct values can also be affected by factors other than viral load. For example, if the specimen is not collected or stored properly or the specimen is collected early during the infection, the Ct value may be higher than it would be under ideal conditions. Thus, a high Ct value could also result from factors not related to the amount of virus in the specimen. The correlation between Ct and viral load can be used to evaluate data from groups of people and infer the difference in the relative amount of viral load between the two groups (e.g., between symptomatic and asymptomatic individuals).
Тк применяющиеся тесты- качественные, они показывают, есть или нет вирус в образце, и все. Искусственно снижая порог определения у лабораторного теста, просто убирается из реальной картины часть инфицированных. Для улучшения статистики, так сказать.
Двойной стандарт налицо.
Смотрим на результаты определения "порогов" положительности ПЦР теста от Абботт и параллельного культурирования вируса
и видим, что у тех, у кого не было симптомов, на уровне 28-30 циклов вирус вполне культивировался (те "живой"). И авторы считали, что их тест уже менее надежный после 33 циклов (ложно-положительность). Но вообще, прогоняли до 40 циклов. Никак не 28.
Каждый тест имеет свой "порог", но 28 циклов- это довольно низкий, и на мой взгляд- неоправданно низкий.
Кроме того, порог теста устанаваливается от компании -производителя, а не "диктуется" минздравом в угоду желаемому.
Смотрим документ от департмента здоровья Теннесси, где вполне внятно расписано что к чему ( в этом отношении сайт СДС оказывается не лучшим источником информации, увы)
Cycle threshold (Ct) is a numerical value generated during a RT-PCR test. It refers to the number of cycles needed for a sample to amplify and cross a threshold (cut-off) to be considered detected/positive.
Most RT-PCR tests use Ct cutoffs of 35-40 cycles, so any sample with a Ct value below the cutoff, would be considered a true positive.
Who determines the Ct cutoff?
The Ct cutoff is determined by the manufacturer of the test, not the state or laboratory performing the test. The cutoffs are
reviewed during the submission process for the FDA’s Emergency Use Authorization (EUA).
Once a test receives the EUA, the Ct cutoffs are set and cannot be changed by laboratories.
Not all test manufacturers use the same Ct cutoffs, each test differs based on how it is designed and what part of the SARS-CoV-2 genetic material it targets for detection. Test manufacturers establish the cutoffs based on evaluation of their test with known positive and negative samples.
Laboratories that perform clinical testing, including the Tennessee Public Health Laboratory (TN PHL) are federally regulated and always perform rigorous in-house evaluation and verification of each new assay before using it to test patient samples. This involves testing known positive and negative SARS-CoV-2 samples to ensure the test is working properly and not producing false results.
Есть публикация дискуссии, в которой для снижения ложнопозитивных результатов теста предлагается уровень 30-33 циклов как "пороговый", хотя и обговаривается, что для большинства исследователей и лабораторий используется сейчас 35-40 циклов, и даже 45.
Пороги для позитивного результата теста на ковид в лабораториях были до 40 циклов для большинства тестов (включая и разработанный СДС):
CDC- lab developed Real-time RT-PCR<40
Simplexa(Diasorin) Real-time RT-PCR<40
SBD Max (Becton Dickinson) Real-time RT-PCR<40
GeneXpert (Cepheid)Real-time RT-PCR<45
ETaqPath(Thermofisher)Real-time RT-PCR<37
Предложения от директора вирусологической клинической лаборатории НЙ госпиталя - "30-34: -это слабо-положительный тест".:
Proposed: Addition of Test Result Comments for positives Ct >30 to assist interpretation
•Low positive: This sample was positive with a Ct 30-34.9. A low positive can be seen either very early or later in infection, with suboptimal sample collection, or with lower respiratory tract disease.
•Very low positive: This sample was positive with aCt >35-39.9. A low positive can be seen either very early or later in infection, with suboptimal sample collection, or with lower respiratory tract disease.
•Borderline positive: This sample was positive with a Ct >40-44.9. A borderline positive is most likely due to recent past infection, but rarely could be a very early infection, or a false positive.
Как видим, это совсем не 28 циклов, рекомендованные СДС для привитых (все, что выше 28 циклов - "отрицательный тест").
Занятно, что такой двоякий подход СДС, кроме прочего, будет игнорировать приличную часть случаев инфекций ковида среди полностью привитых- т. к СДС сосредоточится ТОЛЬКО на случаях ковида, требующих госпитализации или случаях смерти.
As of May 1, 2021, CDC transitioned from monitoring all reported vaccine breakthrough cases to focus on identifying and investigating only hospitalized or fatal cases due to any cause. This shift will help maximize the quality of the data collected on cases of greatest clinical and public health importance.Previous case counts, which were last updated on April 26, 2021, are available for reference only and will not be updated moving forward.
Это манипулирование данными неизбежно приведет к тому, что в попуяции будут циркулировать и накапливаться новые штаммы (тк привитые будут и "здоровы" и "незаразны" (см. низкий порог детекции), могут везде бывать, и общаться со всеми (тк для них от федералов противоэпидемических ограничений нет, если они не симптоматично госпитализированы), и передавать вирус (если заразились)- пока вирус не попадет к кому-то уязвимому, где может реализовать свой потенциал в болезнь, да и мутировать тоже.
Оставляю в стороне, что используемые ПЦР тесты могут иногда и "не ловить" новые штаммы вируса (которые вполне могут "пробивать" имумнную защиту, полученную предыдущим ковидом или прививкой).
Так что, усилиями СДС получается картина интересная:
в апреле в США было около 9.2 тысяч случаев ковида среди полностью привитых (95 млн), а в мае стало уже около 1.9 тысячи на 123 млн привитых. Да, они пишут что 1.9 тыс это госпитализированных или умерших, но это все же мало показывает картину с пробоями иммунитета спустя время после прививки, и фактически слабо отражает заражаемость привитых, акцентируя только на эффективности вакцины для тяжести заболевания. И где людям брать информацию о заболеваемости привитых? Если их даже не проверяют? И из симптоматичных включают только госпитализиваронных?
Это хорошо, что прививка снижает тяжесть, но это отдельно от заражаемости и не тождественно предупреждению болезни. И не только тяжесть болезни определяет наличие эпидемии.
Может, конечно, пришло время вообще только случаи госпитализации и смерти при заражении коронавриусом считать ковидом, но тогда уж это должно быть одинаково что для привитых, что для непривитых. Без двойных стандартов.
И вообще, если так относится к ковиду (что только госпитализация и смерть будут учитываться)- то, допустим, и гриппом считать надо только тот уровень тяжести болезни, когда нужна госпитализация (с тестом, разумеется), или когда случается смерть.
И другие инфекционные болезни, аналогично. Ибо с какой стати, считать туберкулез тубрекулезом, и учитывать в статистике, и и бороться как-то, если с человек не лежал с ним в больнице? Долой всех больных с закрытой формой туберкулеза, и тем более "латентных", из статистики по заболеваемости. Только те, у кого культурируется микобактерия из мокроты- больны туберкулезом, и точка.
Ну и всякие там ОРЗ-ОРВИ, или гастроэнтериты, если не требуют госпитализации и не приводят к смерти - то и не болезни вовсе.
А просто люди так по-разному здоровы, когда сталкиваются в патогенами...
![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
no subject
Date: 2021-05-25 02:18 am (UTC)Я бы executive summary прочитал; может быть, что-нибудь и понял бы тогда.
no subject
Date: 2021-05-25 04:22 am (UTC)no subject
Date: 2021-05-25 05:09 am (UTC)Да ваше. А то пытался вникнуть - увы! Не понимаю. Не разбираюсь. Нет, заголовок-то я понял.
no subject
Date: 2021-05-25 05:37 am (UTC)А может Вам уточнить у меня, что не понятно?
no subject
Date: 2021-05-25 01:08 pm (UTC)Да начнем с этого: "К привитым требования почему-то меньше: для того, чтоб они считались инфицированными коронавирусом, и заразными, ПЦР циклы в тесте у них должен быть не более 28." - а для непривитых сколько? И что за циклы? Я вообще ничего не слышал про циклы. И как они влияют на решение об инфицированности?
no subject
Date: 2021-05-25 04:12 pm (UTC)там нутри есть ссылки и подкаты на англ, которые поясняют, что такое ПЦР и что за циклы.
Если будет желание- посмотрите.
А вкратце-
ПЦР- это метод детекции вируса. циклы- это способ, их количество- порог, или уровень определения: положительный, или нет.
напишу образно.
в стране ведется учет торговцев яблоками. каждый, кто продает яблоки- имеет доход с них, и его надо учесть. ну и знать, сколько в стране яблок.
35-40 циклов- это ведро яблок
28 циклов- это небольшой грузовик яблок (3 цикла- в 10 раз больше к предвдущему).
и Вот правительство решает, с целью поощрения фермеров, что с частников оно будет брать налог, даже если они продали, как обычно, хотя б 1 ведро (и все что больше). А если фермер с бумажкой, что он зарегистрировался, как фермер- то он считаетсч продавцом яблок- только если продал грузовик яблок.
Вот по рынку ходит инспектор и смотрит- и записывает продавцов. Частник что с 1 ведром, с грузовиком или более- это продавец яблок.
Феремер с 1-10 ведрами яблок, или все, что меньше грузовика- продавцом яблок не считается, и налог "за яблоки" с него не берется.
Является ли эффетивным такой способ учета продавцов яблок, и получения знаний, какая доля фермеров среди продавцов яблок на рынке и в стране, и какой их вклад в яблочный рынок?
no subject
Date: 2021-05-25 04:56 pm (UTC)Ах вон оно что! Ну так-то понятно. Отрицательная корреляция между циклами и вероятностью заразности мне вовсе не была очевидна.
no subject
Date: 2021-05-25 06:20 pm (UTC)В принципе любой с положителтьным ПЦР тестом может заражать (потенциально). При этом имеется ввиду обычный 35-40 цикловый ПЦР как тест-маркер ковида (т.е уровни вируса в образце еще меньше, чем надо для 28 циклов).
Порог в 28 циклов усложняет процедуру (слегка) для лабы (тк надо отдельно группировать таких), и отсекает примерно треть заболевших, переводя их в каегорию "тест на ковид-отрицательный" (яблок у фермера- меньше грузовика, = нету).
no subject
Date: 2021-05-25 07:12 pm (UTC)no subject
Date: 2021-05-25 08:20 pm (UTC)https://gis.cdc.gov/GRASP/Fluview/FluHospRates.html
0.8 на 100 тыс населения, кумулятивные за 8 мес, среди всего населения.
Госпитализация с ковидом после прививки - 2 тыс на 123 млн привитых, или
1.1 на 100 тыс, за 2.5 месяца, среди привитого населения = 3.5 за 8 мес.
0.8 или 3.5 - что тут исчезающе редкое? грипп вообще или ковид среди привитых?
что у нас с вероятностями и редкостью явления (на уровне госпитализаций)? реже заболевают гриппом, или реже заболевают ковидом привитые от ковида?
или вообще, редко все болеют? никого тестировать толком не надо?
no subject
Date: 2021-05-26 12:54 am (UTC)Впрочем, для непривитых тестовый театр тоже недолго сохранится, в основном пока есть надежда кого-то из них с забора спихать искусственными неудобствами. На самом-то деле даже СДС уже в ковид наигрался и теперь потихоньку стравливает пар.
Да, и про вашу арифметику: первые 123 млн привитых включают диспропорционально много стариков, так что это не рейт по всей популяции, и госпитализировано с прорывами в том репорте было не 2 тыс, а 1.35 тыс (остальные с другим и выловлены скринингом). Так что даже из этих предположений поделите свою оценку на 3-5 и получите как максимум грипп. На который да, тестировать не надо.
no subject
Date: 2021-05-26 04:39 am (UTC)