![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
chuka_lisЛетом после мероприятий, связанных с 4 июля в Провинстауне, Массачуссетс, случилась вспышка ковида, которая развилась довольно стремительно и была характерна тем, что болели и передавали вирус, преимущественно, привитые. Это заставило минздрав пересмотреть рекомендуемые правила для привитых, а так же принять дополнительные меры по пресечению эпидемии, и подстегнуло генетиков и эпидемиологов провести серьезные исследования по этому случаю.
До 4 июля, за пару недель, в городе, в котором было полностью привито 68% тех, кто имеет разрешение привиться ( чуть выше чем по штату, где 67%) - было 0 случаев заболеваний в день, на 100 тыс населения. А спустя неделю -две после Дня независимости и сопряженных с ним мероприятий, на которых собирались люди толпами (в основном привитые), стало случаться (на пике) 456 случаев ковида в день, на 100 тыс населения. Система здравоохранения быстро спохватилась, начали тестить и трейсить, вернули маски, и ограничения на собирания, и вспышку удалось проконтролировать.
Характерно, что 74% зарегистрированных случаев ковида в этой вспышке случились среди привитых. В 79% случаев это были симптоматические инфекции. Среднее время после полной прививки- 111 дней.
Вирусный геном секвенировали для 467 образцов, среди которых для 439 (40% от всех отслеженных 1098 случаев в городе) было генетически подтверждено, что все они - результат именно этой вспышки.. Эти образцы были получены, преимущественно, от мужин (80%), средний возраст заболевших- 43 года (но невакцинирваонные из заболевших были моложе), и привитых среди этих 439 - 84%.
Из привитых, 48% было привито файзером, 37%- модерной, остальные- джансеном.
Для всех этих образцов, количества вируса в мазках были примерно одинаковыми, и не зависели от того- привит человек или не привит. Не было так же ассоциаций между уровнями вируса в мазке и симптоматичностью.
В 99% образцов- ковид вызвал штамм дельта, 1%-гамма. Среди дельты, преобладала линия AY.25, которая, набирала темпы тогда по США тогда же. Так же, из Провинстауна вирус пошел и дальше- известно о 328 случаях в 37 штатах до сентября 2021 (те случаи, где секвенировали геном после трейсинга).
Никаких особых дополнительных мутаций, которые могли бы дать преимущество, в этом штамме не было обнаружено. Но некоторые изменения, антигенный шифт, позволил установить, что от вероятного индексного случая, скорее всго, завезенного в штат (или город) в конце июня, разошлось примерно 40 ветвей. Большинство- единичные, всего 6 веток со случаями заражений больше 3, зато один из этих 6- один- самый большой, 387 случаев (остальные 5- составляли лишь 4% случаев этой вспышки, вместе взятые).
В самом начале этого большого кластера было 158 слуачев с практически идентичным геномом вируса.
Налицо вариант "суперраспространителя", только эпидемиология показала, что в случае Провинстауна это скорее всго был не 1 человек, а группа свежераспространяющих, или 1 мобильный человек, посетивший несколько мероприятий в ряде мест.
Когда начали расследовать вспышку, обнаружили 17 индексных случаев, 16 из которых были полностью привиты, и дали начало 19 цепям передачи.
Так же обнаружили случай, когда 1 привитый передал 19 привитым в доме престарелых, причем, "единоразово", после чего и там ковид начал распространяться.
Выше по ветвям "эпидемиологического дерева" так же обнарудились 56 "цепочек", где в 38ми случаях источником передачи вируса стал привитый человек.
Разбор одной из цепочек показал, что привитый (индексный случай) послужил источником вируса для последующих 44 случаев из 56.
Всего "генетически" и эпидемиологически (вместе) строго был определен 21 случай, когда привитые распространили вирус, включая суперраспространение, еще 9 случаев с привитыми были "очень вероятные", да к тому же, дополнительно к ним только генетически было выделено еще 64 случая передачи вируса от привитых..
Так что авторы своей работой показывают, что привитые могут и заражаться, и болеть, и успешно передавать вирус в популяции. Это "обычное дело". Не смотря даже на то, что в крови этих привитых может быть большое количество антител.
Быстрое реагирование системы здравоохранение, содействие граждан, и протвоэпидемические меры необходимы для того, чтобы купировать вспышки в популяции привитых (хотя заболевание у них протекает лечге, но инфекционности не теряет).
Авторы считают, что высокий урвоень привитости в городе помог сдержать эпидемию тоже, и ограничить размер вспышки.
Еще, авторами не было обнаружено, что привитость заболевших поспосбствовала какой-то адаптивной мутации у "дельты".
On July 10, 2021, the Massachusetts Department of Public Health (MADPH) receivedreports of an increase in COVID-19 cases among people who reside in or had recently visitedProvincetown, MA, a tourist town on Cape Cod. Provincetown had attracted thousands of visitors, many of whom reported attending multiple large public and indoor gatherings, startingwith the 4th of July weekend and throughout the following week. COVID-19 incidence in thearea rose quickly during the subsequent two-week period, from 0 cases in the 14 days beforeJuly 3rd to a peak of 456 cases/100,000 persons/day during July 11th-24th1.
Notably, 74% of reported cases were fully vaccinated individuals, of whom 79% weresymptomatic1. As of July 1st, estimated COVID-19 full vaccination coverage among the eligible population was 68% in Barnstable County (where Provincetown is located) and 67% acrossMA. This was the first large, well-characterized outbreak of COVID-19 in a highly vaccinatedpopulation in the US1, and contributed to the CDC’s decision to reinstate their indoor maskrecommendation, including for vaccinated individuals.
Нere we describe the genomic epidemiology of this outbreak,including evidence for SARS-CoV-2 transmission from and between fully vaccinated individuals.
We producedhigh-quality SARS-CoV-2 genomes (unambiguous length ≥24,000 nt and successful geneannotation) from 467 unique individuals. Of these, 439 were epidemiologically confirmed to beassociated with the outbreak, representing 40% of the 1,098 known outbreak cases
Most specimens obtained for sequencing were from males (80%), the median age was43, and 84% were from vaccinated individuals, broadly consistent with the outbreak as a whole1,4. Among vaccinated individuals, 48% (203) received Pfizer-BioNTech, 37% (155) Moderna,and 14% (58) Janssen vaccine products.
Diagnostic Ct values, an approximation of viral load,were similar between vaccinated and unvaccinated individuals and between symptomatic andasymptomatic individuals
The average time since completion of the vaccination coursewas 111 days.
Unvaccinatedindividuals were on average younger than vaccinated individuals in this cohort
The Provincetown outbreak was driven by the Delta lineage: 99% (462/467) of genomeswere Delta, with the remainder being Gamma (Figure 2A). Of the Delta genomes, 84%(394/467) were from the lineage AY.25, a lineage circulating throughout the United States butrarely observed outside North America. The outbreak occurred during a broader rise of theDelta lineage in MA: first detected on March 28th, its prevalence increased sharply in the weekspreceding the July 4th weekend, from 16% on June 15th to 77% at the start of our samplingperiod on July 9th, and reached 97% by the end of our sampling period on August 3rd
The Deltagenomes in this dataset did not have novel consensus-level variants in the spike protein, nor didthey have an increased frequency of any amino acid change of known or suspected functionalimpact. Vaccinated individuals also did not have significantly different numbers ofintrahost single-nucleotide variants (iSNVs) compared to unvaccinated individuals (p=0.721),suggesting little difference in viral genetic diversity with vaccination
Based on an inferred phylogenetic tree of outbreak-associated SARS-CoV-2 genomesand other publicly available data (Methods), we identified ≥40 distinct branches of the tree in ourdataset that predate the outbreak, suggesting that the Delta variant was introduced into thispopulation from many sources. Six of these branches led to clusters (3 or more cases) of varying sizes, of which one cluster—that comprised 83% (387/467) of outbreak-associatedgenomes—dominated this outbreak
The remaining 5 clusters each accounted for<4% of primary outbreak-associated cases. The other branches were associated with singlecases, each likely representing an independent source of SARS-CoV-2
The earliestreported genomes within the cluster are from other US states, suggesting that this lineage likelyemerged outside MA and was introduced into MA just prior to amplification by the outbreak.
A striking feature of the dominant cluster was 158 identical consensus genomes (41% ofoutbreak-associated genomes in the cluster) at the root of the cluster. This pattern—manyidentical viral genomes within a short time—usually indicates rapid spread from a singleindividual and is a signature of superspreading. Public health investigation of the outbreak,however, revealed no evidence for a single exposure site widely shared among cases. Instead,the genomic and epidemiological data taken together suggest that superspreading of the sameviral sequence occurred at multiple locations. This is consistent with several scenarios, includingone individual infecting others at multiple locations, or several individuals with the same virus,from either a common source or serial infection, transmitting independently.
Approximatelyhalf of outbreak-associated individuals reported residency in MA, with the remainder visitingfrom 20 other US states, raising the possibility that the outbreak led to widely dispersedsecondary transmission
The outbreak led to between 44 and 328 sequenced cases in surveillance data from between 18 and37 states, collected during the period July 10th to September 13th, 2021. Amongthe 37 states, New York, California and Georgia contained the largest number of cases, eachrepresenting approximately 10% of the 328 sequenced cases
We next investigated the contribution of vaccinated individuals to transmission in theoutbreak, using both public health contact tracing and genomic data.
...extensive efforts did identify 19 transmission links with high confidence. These 19 linksoriginated from 17 index cases, 16 of whom were vaccinated. One additional outbreak-associated, vaccinated case was the possible index of a cluster of 19 other cases in aclose-contact, residential setting in which all individuals were fully vaccinated. Genomic datawas available from both the index and recipient cases for 22 of the 38 putative links identified bycontact tracing and, based on the phylogeny, was consistent in every instance with thetransmission events inferred by contact tracing, with strong statistical support for 19
The phylogeny also supported that all 19 cases in the close-contact cluster stemmed, probably via direct transmission, from a single introduction, possibly from the indexcase suggested by contact tracing , underscoring the potential for extensivetransmission between vaccinated individuals in prolonged close-contact settings.
Using onlyconsensus genomes and temporal information to reconstruct a transmission tree, we identifiedan additional 56 well-supported links, 38 involving vaccinated index cases
Using iSNVs, we identified an additional 51 putative transmission links, 44with a vaccinated index case
However, despite the complexities of the epidemiology, contact tracing,and low viral genetic diversity in this outbreak, genomic and epidemiological data combinedprovide strong support for 21 transmissions from vaccinated individuals and suggestive evidence of a further 9, while genomic data alone provides suggestive evidence for an additional 64. These data suggest that, despite high antibody responses observed forvaccinated individuals from this outbreak12, transmission from vaccine breakthrough infections,to both vaccinated and unvaccinated individuals, was common.
The size of the Provincetown outbreak—over one thousand cases—and its rapid earlygrowth demonstrate that in densely crowded events and indoor conditions the SARS-CoV-2Delta variant can cause a large outbreak even in a mostly vaccinated population. However, the Provincetown outbreak did not contribute substantially to the increase in Delta cases in Massachusetts. The high rates of vaccination and the swift public health response1, whichincluded deployment of mobile testing, a local indoor masking mandate, and an extensiveoutreach campaign, likely contributed to the short duration and restricted impact of the outbreak.
The rapid decline and limited impact of the outbreaksuggest that while Delta-driven outbreaks are not eliminated by high vaccination rates, they can be controlled with well-understood public health measures.
До 4 июля, за пару недель, в городе, в котором было полностью привито 68% тех, кто имеет разрешение привиться ( чуть выше чем по штату, где 67%) - было 0 случаев заболеваний в день, на 100 тыс населения. А спустя неделю -две после Дня независимости и сопряженных с ним мероприятий, на которых собирались люди толпами (в основном привитые), стало случаться (на пике) 456 случаев ковида в день, на 100 тыс населения. Система здравоохранения быстро спохватилась, начали тестить и трейсить, вернули маски, и ограничения на собирания, и вспышку удалось проконтролировать.
Характерно, что 74% зарегистрированных случаев ковида в этой вспышке случились среди привитых. В 79% случаев это были симптоматические инфекции. Среднее время после полной прививки- 111 дней.
Вирусный геном секвенировали для 467 образцов, среди которых для 439 (40% от всех отслеженных 1098 случаев в городе) было генетически подтверждено, что все они - результат именно этой вспышки.. Эти образцы были получены, преимущественно, от мужин (80%), средний возраст заболевших- 43 года (но невакцинирваонные из заболевших были моложе), и привитых среди этих 439 - 84%.
Из привитых, 48% было привито файзером, 37%- модерной, остальные- джансеном.
Для всех этих образцов, количества вируса в мазках были примерно одинаковыми, и не зависели от того- привит человек или не привит. Не было так же ассоциаций между уровнями вируса в мазке и симптоматичностью.
В 99% образцов- ковид вызвал штамм дельта, 1%-гамма. Среди дельты, преобладала линия AY.25, которая, набирала темпы тогда по США тогда же. Так же, из Провинстауна вирус пошел и дальше- известно о 328 случаях в 37 штатах до сентября 2021 (те случаи, где секвенировали геном после трейсинга).
Никаких особых дополнительных мутаций, которые могли бы дать преимущество, в этом штамме не было обнаружено. Но некоторые изменения, антигенный шифт, позволил установить, что от вероятного индексного случая, скорее всго, завезенного в штат (или город) в конце июня, разошлось примерно 40 ветвей. Большинство- единичные, всего 6 веток со случаями заражений больше 3, зато один из этих 6- один- самый большой, 387 случаев (остальные 5- составляли лишь 4% случаев этой вспышки, вместе взятые).
В самом начале этого большого кластера было 158 слуачев с практически идентичным геномом вируса.
Налицо вариант "суперраспространителя", только эпидемиология показала, что в случае Провинстауна это скорее всго был не 1 человек, а группа свежераспространяющих, или 1 мобильный человек, посетивший несколько мероприятий в ряде мест.
Когда начали расследовать вспышку, обнаружили 17 индексных случаев, 16 из которых были полностью привиты, и дали начало 19 цепям передачи.
Так же обнаружили случай, когда 1 привитый передал 19 привитым в доме престарелых, причем, "единоразово", после чего и там ковид начал распространяться.
Выше по ветвям "эпидемиологического дерева" так же обнарудились 56 "цепочек", где в 38ми случаях источником передачи вируса стал привитый человек.
Разбор одной из цепочек показал, что привитый (индексный случай) послужил источником вируса для последующих 44 случаев из 56.
Всего "генетически" и эпидемиологически (вместе) строго был определен 21 случай, когда привитые распространили вирус, включая суперраспространение, еще 9 случаев с привитыми были "очень вероятные", да к тому же, дополнительно к ним только генетически было выделено еще 64 случая передачи вируса от привитых..
Так что авторы своей работой показывают, что привитые могут и заражаться, и болеть, и успешно передавать вирус в популяции. Это "обычное дело". Не смотря даже на то, что в крови этих привитых может быть большое количество антител.
Быстрое реагирование системы здравоохранение, содействие граждан, и протвоэпидемические меры необходимы для того, чтобы купировать вспышки в популяции привитых (хотя заболевание у них протекает лечге, но инфекционности не теряет).
Авторы считают, что высокий урвоень привитости в городе помог сдержать эпидемию тоже, и ограничить размер вспышки.
Еще, авторами не было обнаружено, что привитость заболевших поспосбствовала какой-то адаптивной мутации у "дельты".
On July 10, 2021, the Massachusetts Department of Public Health (MADPH) receivedreports of an increase in COVID-19 cases among people who reside in or had recently visitedProvincetown, MA, a tourist town on Cape Cod. Provincetown had attracted thousands of visitors, many of whom reported attending multiple large public and indoor gatherings, startingwith the 4th of July weekend and throughout the following week. COVID-19 incidence in thearea rose quickly during the subsequent two-week period, from 0 cases in the 14 days beforeJuly 3rd to a peak of 456 cases/100,000 persons/day during July 11th-24th1.
Notably, 74% of reported cases were fully vaccinated individuals, of whom 79% weresymptomatic1. As of July 1st, estimated COVID-19 full vaccination coverage among the eligible population was 68% in Barnstable County (where Provincetown is located) and 67% acrossMA. This was the first large, well-characterized outbreak of COVID-19 in a highly vaccinatedpopulation in the US1, and contributed to the CDC’s decision to reinstate their indoor maskrecommendation, including for vaccinated individuals.
Нere we describe the genomic epidemiology of this outbreak,including evidence for SARS-CoV-2 transmission from and between fully vaccinated individuals.
We producedhigh-quality SARS-CoV-2 genomes (unambiguous length ≥24,000 nt and successful geneannotation) from 467 unique individuals. Of these, 439 were epidemiologically confirmed to beassociated with the outbreak, representing 40% of the 1,098 known outbreak cases
Most specimens obtained for sequencing were from males (80%), the median age was43, and 84% were from vaccinated individuals, broadly consistent with the outbreak as a whole1,4. Among vaccinated individuals, 48% (203) received Pfizer-BioNTech, 37% (155) Moderna,and 14% (58) Janssen vaccine products.
Diagnostic Ct values, an approximation of viral load,were similar between vaccinated and unvaccinated individuals and between symptomatic andasymptomatic individuals
The average time since completion of the vaccination coursewas 111 days.
Unvaccinatedindividuals were on average younger than vaccinated individuals in this cohort
The Provincetown outbreak was driven by the Delta lineage: 99% (462/467) of genomeswere Delta, with the remainder being Gamma (Figure 2A). Of the Delta genomes, 84%(394/467) were from the lineage AY.25, a lineage circulating throughout the United States butrarely observed outside North America. The outbreak occurred during a broader rise of theDelta lineage in MA: first detected on March 28th, its prevalence increased sharply in the weekspreceding the July 4th weekend, from 16% on June 15th to 77% at the start of our samplingperiod on July 9th, and reached 97% by the end of our sampling period on August 3rd
The Deltagenomes in this dataset did not have novel consensus-level variants in the spike protein, nor didthey have an increased frequency of any amino acid change of known or suspected functionalimpact. Vaccinated individuals also did not have significantly different numbers ofintrahost single-nucleotide variants (iSNVs) compared to unvaccinated individuals (p=0.721),suggesting little difference in viral genetic diversity with vaccination
Based on an inferred phylogenetic tree of outbreak-associated SARS-CoV-2 genomesand other publicly available data (Methods), we identified ≥40 distinct branches of the tree in ourdataset that predate the outbreak, suggesting that the Delta variant was introduced into thispopulation from many sources. Six of these branches led to clusters (3 or more cases) of varying sizes, of which one cluster—that comprised 83% (387/467) of outbreak-associatedgenomes—dominated this outbreak
The remaining 5 clusters each accounted for<4% of primary outbreak-associated cases. The other branches were associated with singlecases, each likely representing an independent source of SARS-CoV-2
The earliestreported genomes within the cluster are from other US states, suggesting that this lineage likelyemerged outside MA and was introduced into MA just prior to amplification by the outbreak.
A striking feature of the dominant cluster was 158 identical consensus genomes (41% ofoutbreak-associated genomes in the cluster) at the root of the cluster. This pattern—manyidentical viral genomes within a short time—usually indicates rapid spread from a singleindividual and is a signature of superspreading. Public health investigation of the outbreak,however, revealed no evidence for a single exposure site widely shared among cases. Instead,the genomic and epidemiological data taken together suggest that superspreading of the sameviral sequence occurred at multiple locations. This is consistent with several scenarios, includingone individual infecting others at multiple locations, or several individuals with the same virus,from either a common source or serial infection, transmitting independently.
Approximatelyhalf of outbreak-associated individuals reported residency in MA, with the remainder visitingfrom 20 other US states, raising the possibility that the outbreak led to widely dispersedsecondary transmission
The outbreak led to between 44 and 328 sequenced cases in surveillance data from between 18 and37 states, collected during the period July 10th to September 13th, 2021. Amongthe 37 states, New York, California and Georgia contained the largest number of cases, eachrepresenting approximately 10% of the 328 sequenced cases
We next investigated the contribution of vaccinated individuals to transmission in theoutbreak, using both public health contact tracing and genomic data.
...extensive efforts did identify 19 transmission links with high confidence. These 19 linksoriginated from 17 index cases, 16 of whom were vaccinated. One additional outbreak-associated, vaccinated case was the possible index of a cluster of 19 other cases in aclose-contact, residential setting in which all individuals were fully vaccinated. Genomic datawas available from both the index and recipient cases for 22 of the 38 putative links identified bycontact tracing and, based on the phylogeny, was consistent in every instance with thetransmission events inferred by contact tracing, with strong statistical support for 19
The phylogeny also supported that all 19 cases in the close-contact cluster stemmed, probably via direct transmission, from a single introduction, possibly from the indexcase suggested by contact tracing , underscoring the potential for extensivetransmission between vaccinated individuals in prolonged close-contact settings.
Using onlyconsensus genomes and temporal information to reconstruct a transmission tree, we identifiedan additional 56 well-supported links, 38 involving vaccinated index cases
Using iSNVs, we identified an additional 51 putative transmission links, 44with a vaccinated index case
However, despite the complexities of the epidemiology, contact tracing,and low viral genetic diversity in this outbreak, genomic and epidemiological data combinedprovide strong support for 21 transmissions from vaccinated individuals and suggestive evidence of a further 9, while genomic data alone provides suggestive evidence for an additional 64. These data suggest that, despite high antibody responses observed forvaccinated individuals from this outbreak12, transmission from vaccine breakthrough infections,to both vaccinated and unvaccinated individuals, was common.
The size of the Provincetown outbreak—over one thousand cases—and its rapid earlygrowth demonstrate that in densely crowded events and indoor conditions the SARS-CoV-2Delta variant can cause a large outbreak even in a mostly vaccinated population. However, the Provincetown outbreak did not contribute substantially to the increase in Delta cases in Massachusetts. The high rates of vaccination and the swift public health response1, whichincluded deployment of mobile testing, a local indoor masking mandate, and an extensiveoutreach campaign, likely contributed to the short duration and restricted impact of the outbreak.
The rapid decline and limited impact of the outbreaksuggest that while Delta-driven outbreaks are not eliminated by high vaccination rates, they can be controlled with well-understood public health measures.
![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
no subject
Date: 2021-10-22 12:27 pm (UTC)Как-то я начинаю терять понимание, в чем смысл прививки.
no subject
Date: 2021-10-22 01:02 pm (UTC)сравните эти цифры с общими цифрами непривитых, думаю, ситуация станет попонятнее.
no subject
Date: 2021-10-22 02:56 pm (UTC)это примерно соответствует тем 68% среди привитых в округе. т.е., распространялась вспышка примерно одинаково в среде привитых и нет, без выраженного смещения в сторону непривитых.
не стоит закрывать на это глаза.
эти данные нужно учесть и взять на заметку.
конечно, если будет 100% привитых и вспышка- то все болеющие и привитые будут среди них.
no subject
Date: 2021-10-22 03:32 pm (UTC)Человек спросил - в чем смысл прививки. Я дал ответ в цифрах: статистика заболеваемости и смертности среди привитых в нашем штате. В этом и есть смысл прививки. Никто не готовил вакцину "против распространения".
no subject
Date: 2021-10-22 03:35 pm (UTC)no subject
Date: 2021-10-24 07:29 pm (UTC)no subject
Date: 2021-10-22 03:01 pm (UTC)И прививка, это хоть и не 100% эффективное, но все же приличное препятствие на пути распростраенния вируса.
пока что данные такие, что, не смотря на то что защита не идеальная- прививка защищает и индивидуально, и популяционно.
no subject
Date: 2021-10-22 03:32 pm (UTC)Вот эту нынешнюю картину роли прививок я вижу. Не вижу, почему никто год назад эти сведения не сообщал.
no subject
Date: 2021-10-22 03:55 pm (UTC)То есть на прививку надейся, но барьерные меры принимай. Маски, Purell и, кстати, ВОЛОСЫ - замечательный уловитель пыли, бактерий и вирусов, потом всё это попадает на подушку, а с подушки - на слизистую носа, рта и глаз. Руки мы, придя домой, моем, а голову - нет. :(
no subject
Date: 2021-10-22 04:49 pm (UTC)no subject
Date: 2021-10-22 03:57 pm (UTC)no subject
Date: 2021-10-24 04:18 am (UTC)Привились "модерной". Хочется надеяться, что гены дают себя знать:), да и живем в малолюдном месте. Навещает только младший сын с семьей. они тоже с"модерной".
no subject
Date: 2021-10-24 04:42 pm (UTC)