Коронавирус- тесты и их результаты.
Feb. 9th, 2020 03:34 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
chuka_lisМожно было бы ожидать, что тестирование на новый, ранее неизвестный коронавирус может оказаться не самой простой задачей- ведь сначала нужно определить сам патоген, потом выделить его характерные особенности, которые можно использовать для диагностики, чтобы тест был достаточно специфичным. А так же проверить на сколько тест является рабочим инструментом.
Еще желательно иметь лаборатории, оборудование и техников которые будут производить и(или) делать этот тест, и, возможно, в очень больших количествах.
Хорошо бы еще, чтобы тестирование не занимало сильно много времени.
В случае растущей эпидемии, все приходится делать "на ходу" и подручными средствами.
Задачасложная, на самом деле. В Вашингтоне команда исследователей случая 1го больного с уханьским коронавирусом в США - попросту секвенировала вирусный геном (РНК) вкупе с остальными РНК из образцов,, и сравнила имеющиеся последовательности нуклеотидов с теми данными, которые уже поместили в "базы" китайцы. Это метод вполне рабочий - но требующий ресурсов, оборудования, и, возможно, не сосем подходящий для массового использования. Там работало несколько агенств с их возможностями, и большая команда спецов- на одного больного.
До средины января протетистировать вирус было нетривиальной задачей, это могло отчасти обуславливать "низкое" количество "подтвержденных" случаев (и тесты тогда, преимущественно, проводились тяжелым больным).
В Китае команда ученых из Института по Контролю вирусных заболеваний с 20 по 30 января по заданию правительства разрабатывала экспресс-тест для коронавируса, и достигла успеха. С начала февраля, скооперировавших с местой компанией высоких технологий, они вроде бы в состоянии выпускать по 4 тыс тестовых наоборов в день. Китайцы уверяют, что тест очень быстр и чуть ли не за 15 минут дает результат (+ время на пересылку).
Интересно, но это предполагает, что до начале февраля, как миниум, в Китае просто не могли протестировать более чем 4 тыс образцов в день (а скоро всего, и меньше), и картина "прироста" по 2-3 тыс в день с 26 января могла быть лимитирована тем, что попросту больше не было китов (и результатов теста) в день, чтоб "подтвердить" симптоматический диагноз, и не отражала реальное количество новых больных и тем более заразившихся. Потому была динамика, что "подозрительных" в данных от Китая было почти в 2 раза больше, чем подтвержденных. Пока этот "пул" стал опустошаться (относительно), более обширным тестированием, в том числе. Конечно, там люди могли и выздоравливать, и умирать -но это не известно, сколько и как, тк это не входит в статистику по коронавирусу.
Несмотря на выросшие темпы и объмы тестирования, количество людей в "очереди" на тест ("подозреваемые", которые в Китае означают не столько контакты заболевших, которые мониторятся мед службами, сколько тех, у кого похожая симптоматика заболевания) стабильно растет. (но снижающимися темпами после 4 февраля) , и, вероятно, будет "разгребаться" еще пару недель даже если заболевание прекратит распространение (тк там 28 тыс человек, а части больных могут понабодиться повторные тесты)
В США СДС (Центр по Контролю заболеваний) разработал свой тест, который стал доступен 6 февраля. В течении 4 часов лаборатория в Атланте ( единственная которая принимала подобные тесты, и обрабатывала все предыдущие подобного рода) может получить ответ на критчески важный вопрос, есть ли коронавирус или нет. Плюс время на пересылку теста, конечно же.
"Initially, about 200 test kits will be distributed to U.S. domestic laboratories and a similar amount will be distributed to select international laboratories. Each test kit can test approximately 700 to 800 patient specimens. Additional test kits will be produced and made available for ordering in the future from the IRR. At this time, each laboratory that places an order will receive one 2019-nCoV test kit."
Т.е, киты есть, но количество их пока ограничено, и,вероятно, они не дешевы, и потому использоваться должны не для всех подряд.
Пока, в категорию претендентов на тесты, попадают только те, кто, кроме подходящих респираторных симптомов нижних дыхательных путей, имеет историю контакта с коронавирусом (например, близкие контакты подтвержденного больного, медработники или ученые), а так же высокую температуру, прочие симптомы, требующие госпитализации, и историю путешествия в Хубэй и Китай в ближайшие 2 недели.
Так что, для ясности- исходя из имеющихся в странах возможностей, тесты на коронавирус проводятся (в Китае и в США) не просто всем тем, кто "кашляет" и температурит, а когда у врачей есть серьезные основания для теста.
Сейчас Гонконг предлагает кит, который вроде бы за 40 минут может дать ответ, есть ли в образце коронавирус или нет.
Другие страны, вероятно, справляются своими силами, особенно ввиду того, что количество случаев не особо велико.
Наличие теста, метода обнаружения, это здорово. Еще лучше, когда результату теста можно безоговорочно доверять. В США, анализы делаются в Атланте, потому что лаборатории СДС "можно доверять". Киты в США уже выпускаются, хоть и без одобрения ФДА (за столь короткий срок они не успели бы пройти необходимые проверки), но на нужды дня.
Однако, никакой тест, особенно свежеразработанный, не "застрахован" от ошибки (и сам по себе, не только от человеческой).
История китайского офтальмолога, который получил положительный тест на коронавирус буквально перед смертью, и отрицательные, когда был госпитализирован- один из наглядных примеров.
Китайские специалисты предостерегают, что, судя по имеющимся данным, точность имеющихся тестов для подтверждения диагноза составляет 30-50%.
"there is growing concern that those NATs are producing large numbers of false negatives. In a Wednesday interview with state broadcaster CCTV, Wang Chen, an expert in critical diseases and director of the Chinese Academy of Medical Sciences, said one characteristic of the virus was that “not all of those infected by it return positive NATs.”“Even patients who definitely have the disease only come back positive 30% to 50% of the time,” Wang said. “Testing throat swabs (from potentially infected people) also returns a lot of false negatives.”"
Примерно такой же пул ложно-негативных результатов теста, скорее всего, случается и у тех, кого "мониторят" из окружения известных больных, и, что даже хуже- из тех, кто имеет начальные признаки, пришел вбольницу, протестировался, сказали- "не коронавирус" -и- отправили домой (тк все койки заняты более серьезными больными, с "подтвержденными" диагнозами)
"A doctor in the imaging department of another major Wuhan hospital, who spoke on condition of anonymity, told Caixin said that previously some patients whose CT scans clearly showed signs of viral infection but whose NATs tested negative were “released” back into their communities due to a shortage of hospital berths."
Кроме ложно-отрицательных, могут быть и ложно-положительные результаты.
Лимитации тестов ( в Китае) могут способствовать искажению представления об эпидемии.
Еще желательно иметь лаборатории, оборудование и техников которые будут производить и(или) делать этот тест, и, возможно, в очень больших количествах.
Хорошо бы еще, чтобы тестирование не занимало сильно много времени.
В случае растущей эпидемии, все приходится делать "на ходу" и подручными средствами.
Задачасложная, на самом деле. В Вашингтоне команда исследователей случая 1го больного с уханьским коронавирусом в США - попросту секвенировала вирусный геном (РНК) вкупе с остальными РНК из образцов,, и сравнила имеющиеся последовательности нуклеотидов с теми данными, которые уже поместили в "базы" китайцы. Это метод вполне рабочий - но требующий ресурсов, оборудования, и, возможно, не сосем подходящий для массового использования. Там работало несколько агенств с их возможностями, и большая команда спецов- на одного больного.
До средины января протетистировать вирус было нетривиальной задачей, это могло отчасти обуславливать "низкое" количество "подтвержденных" случаев (и тесты тогда, преимущественно, проводились тяжелым больным).
В Китае команда ученых из Института по Контролю вирусных заболеваний с 20 по 30 января по заданию правительства разрабатывала экспресс-тест для коронавируса, и достигла успеха. С начала февраля, скооперировавших с местой компанией высоких технологий, они вроде бы в состоянии выпускать по 4 тыс тестовых наоборов в день. Китайцы уверяют, что тест очень быстр и чуть ли не за 15 минут дает результат (+ время на пересылку).
Интересно, но это предполагает, что до начале февраля, как миниум, в Китае просто не могли протестировать более чем 4 тыс образцов в день (а скоро всего, и меньше), и картина "прироста" по 2-3 тыс в день с 26 января могла быть лимитирована тем, что попросту больше не было китов (и результатов теста) в день, чтоб "подтвердить" симптоматический диагноз, и не отражала реальное количество новых больных и тем более заразившихся. Потому была динамика, что "подозрительных" в данных от Китая было почти в 2 раза больше, чем подтвержденных. Пока этот "пул" стал опустошаться (относительно), более обширным тестированием, в том числе. Конечно, там люди могли и выздоравливать, и умирать -но это не известно, сколько и как, тк это не входит в статистику по коронавирусу.
Несмотря на выросшие темпы и объмы тестирования, количество людей в "очереди" на тест ("подозреваемые", которые в Китае означают не столько контакты заболевших, которые мониторятся мед службами, сколько тех, у кого похожая симптоматика заболевания) стабильно растет. (но снижающимися темпами после 4 февраля) , и, вероятно, будет "разгребаться" еще пару недель даже если заболевание прекратит распространение (тк там 28 тыс человек, а части больных могут понабодиться повторные тесты)
В США СДС (Центр по Контролю заболеваний) разработал свой тест, который стал доступен 6 февраля. В течении 4 часов лаборатория в Атланте ( единственная которая принимала подобные тесты, и обрабатывала все предыдущие подобного рода) может получить ответ на критчески важный вопрос, есть ли коронавирус или нет. Плюс время на пересылку теста, конечно же.
"Initially, about 200 test kits will be distributed to U.S. domestic laboratories and a similar amount will be distributed to select international laboratories. Each test kit can test approximately 700 to 800 patient specimens. Additional test kits will be produced and made available for ordering in the future from the IRR. At this time, each laboratory that places an order will receive one 2019-nCoV test kit."
Т.е, киты есть, но количество их пока ограничено, и,вероятно, они не дешевы, и потому использоваться должны не для всех подряд.
Пока, в категорию претендентов на тесты, попадают только те, кто, кроме подходящих респираторных симптомов нижних дыхательных путей, имеет историю контакта с коронавирусом (например, близкие контакты подтвержденного больного, медработники или ученые), а так же высокую температуру, прочие симптомы, требующие госпитализации, и историю путешествия в Хубэй и Китай в ближайшие 2 недели.
Так что, для ясности- исходя из имеющихся в странах возможностей, тесты на коронавирус проводятся (в Китае и в США) не просто всем тем, кто "кашляет" и температурит, а когда у врачей есть серьезные основания для теста.
Сейчас Гонконг предлагает кит, который вроде бы за 40 минут может дать ответ, есть ли в образце коронавирус или нет.
Другие страны, вероятно, справляются своими силами, особенно ввиду того, что количество случаев не особо велико.
Наличие теста, метода обнаружения, это здорово. Еще лучше, когда результату теста можно безоговорочно доверять. В США, анализы делаются в Атланте, потому что лаборатории СДС "можно доверять". Киты в США уже выпускаются, хоть и без одобрения ФДА (за столь короткий срок они не успели бы пройти необходимые проверки), но на нужды дня.
Однако, никакой тест, особенно свежеразработанный, не "застрахован" от ошибки (и сам по себе, не только от человеческой).
История китайского офтальмолога, который получил положительный тест на коронавирус буквально перед смертью, и отрицательные, когда был госпитализирован- один из наглядных примеров.
Китайские специалисты предостерегают, что, судя по имеющимся данным, точность имеющихся тестов для подтверждения диагноза составляет 30-50%.
"there is growing concern that those NATs are producing large numbers of false negatives. In a Wednesday interview with state broadcaster CCTV, Wang Chen, an expert in critical diseases and director of the Chinese Academy of Medical Sciences, said one characteristic of the virus was that “not all of those infected by it return positive NATs.”“Even patients who definitely have the disease only come back positive 30% to 50% of the time,” Wang said. “Testing throat swabs (from potentially infected people) also returns a lot of false negatives.”"
Примерно такой же пул ложно-негативных результатов теста, скорее всего, случается и у тех, кого "мониторят" из окружения известных больных, и, что даже хуже- из тех, кто имеет начальные признаки, пришел вбольницу, протестировался, сказали- "не коронавирус" -и- отправили домой (тк все койки заняты более серьезными больными, с "подтвержденными" диагнозами)
"A doctor in the imaging department of another major Wuhan hospital, who spoke on condition of anonymity, told Caixin said that previously some patients whose CT scans clearly showed signs of viral infection but whose NATs tested negative were “released” back into their communities due to a shortage of hospital berths."
Кроме ложно-отрицательных, могут быть и ложно-положительные результаты.
Лимитации тестов ( в Китае) могут способствовать искажению представления об эпидемии.
![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
no subject
Date: 2020-02-10 04:24 pm (UTC)no subject
Date: 2020-02-10 06:25 pm (UTC)Вирус почти навернякак мутирует, в ранзых направлениях.
Но узнать об этом может будет позже= когда появятся научные статьи. Т.к надо собрать материал, (из разных мест), обработать, проанализировать, написать, получить рецезии и опубликовать.
Наверное, мнимумм- полгода, а скорее и дольше.
no subject
Date: 2020-02-10 06:59 pm (UTC)no subject
Date: 2020-02-10 09:34 pm (UTC)основная работа врача- лечить, у него на что-то еще не особо много времени остается.
СДС не особо активно апдейтит информацию на сайте. и в том, что касается американских случаев- он менее ифнормативен, чем газеты и тв.
Можно предположить, что мутации будут обнаруживаться примерно как у вируса САРС, только несколько быстрее (тк уже народу больше заражено, и будет заражено еще не менее чем столько же).
Но, в принципе, для меня это выглядит пока так, что этот коронавирус нашел себе нового хозяина.
no subject
Date: 2020-02-10 11:37 pm (UTC)no subject
Date: 2020-02-11 02:14 am (UTC)no subject
Date: 2020-02-11 02:28 am (UTC)no subject
Date: 2020-02-11 02:37 am (UTC)no subject
Date: 2020-02-11 02:45 am (UTC)no subject
Date: 2020-02-11 02:51 am (UTC)дальше я своими словами не могу, особенно по русски, потому что это не моя специальность. Если вам ссылка показалась бесполезной -- с меня не убыло.
no subject
Date: 2020-02-11 02:57 am (UTC)bioRxiv is receiving many new papers on coronavirus 2019-nCoV. A reminder: these are preliminary reports that have not been peer-reviewed. They should not be regarded as conclusive, guide clinical practice/health-related behavior, or be reported in news media as established information.
no subject
Date: 2020-02-11 02:59 am (UTC)но дальше я пас, потому что все-таки не моя область совсем.
no subject
Date: 2020-02-11 03:08 am (UTC)no subject
Date: 2020-02-11 05:55 am (UTC)"мнения" в научных статьях могут высказываться в части статьи которая называется "дискуссия", и там они подаются, аргументируются и сраниваются с уже имеющимися.
та статья- не "мнение", а результаты генетического анализа и сравнения генома нового корнавируса с другими коронавирусами. они нашли специфические фрагменты его генома, по которым его можно "идентифицирвоать" (вроде отпечатков палцев)
Я так понимаю, они сделали дисклаймер, который Вы процитировали, что не ревьюировали- потому что нужно было быстрее опубликовать- их данные могут помочь точно детектирвоать вирус в образцах.
Авторы, скорее всего, потом сделают нормальную публикацию.
чтоб идти по "стандартному" пути, это займет несколько месяцев, а счас время может оказатсья дорого для борьбы с инфекцией.
no subject
Date: 2020-02-11 06:01 am (UTC)