Интересные данные

Longitudinal home self-collection of capillary blood using homeRNA correlates interferon and innate viral defense pathways with SARS-CoV-2 viral clearance
Blood transcriptional profiling is a powerful tool to evaluate immune responses to infection; however, blood collection via traditional phlebotomy remains a barrier to precise characterization of the immune response in dynamic infections (e.g., respiratory viruses). Here we present an at-home self-collection methodology, homeRNA, to study the host transcriptional response during acute SARS-CoV-2 infections. This method uniquely enables high frequency measurement of the host immune kinetics in non-hospitalized adults during the acute and most dynamic stage of their infection. COVID-19+ and healthy participants self-collected blood every other day for two weeks with daily nasal swabs and symptom surveys to track viral load kinetics and symptom burden, respectively. While healthy uninfected participants showed remarkably stable immune kinetics with no significant dynamic genes, COVID-19+ participants, on the contrary, depicted a robust response with over 418 dynamic genes associated with interferon and innate viral defense pathways. When stratified by vaccination status, we detected distinct response signatures between unvaccinated and breakthrough (vaccinated) infection subgroups; unvaccinated individuals portrayed a response repertoire characterized by higher innate antiviral responses, interferon signaling, and cytotoxic lymphocyte responses while breakthrough infections portrayed lower levels of interferon signaling and enhanced early cell-mediated response. Leveraging cross-platform longitudinal sampling (nasal swabs and blood), we observed that IFI27, a key viral response gene, tracked closely with SARS-CoV-2 viral clearance in individual participants. Taken together, these results demonstrate that at-home sampling can capture key host antiviral responses and facilitate frequent longitudinal sampling to detect transient host immune kinetics during dynamic immune states.

Мутаген-то, способствует...

Молнупиравир, лекарство от ковида ( принцип работы- вставляется вместо нормального -сбойный нуклеотид, изза чего у вируса при постройке появляется огромное количество мутаций,  что, преимущественно, приводит к нежизнеспособности (ну или нспособности к размножению) у мутированных вирусных частиц.
Но, есть намеки, что помирают-таки не все.
С началом использования лекарства, появились в семействе штаммов САРС2 интересные мутации,  и линии,  родом из тех мест где активнее всего применяют для лечения этот мутаген. Так что, похоже, он стал дополнителным фактором эволюционного давления.
Ну и приспособоляемость вируса может увеличить (потенциально)- тк добавит вариаций для отбора, благо, со средой и условиями для размножения у вируса проблем особо нет, и скорости размножения хорошие.
 Ну и опять же, вирус вирусом, но препарат вызывает мутации и у бактерий (а их-то у нас полно), и на человеческие клетки тоже действует.
Так что, как минимум,  сужая разнообразие макрорганизмов на планете, мутагенами люди способствуют большему разнообразию микроорганизмов.
Identification of a molnupiravir-associated mutational signature in SARS-CoV-2 sequencing databases
Molnupiravir, an antiviral medication that has been widely used against SARS-CoV-2, acts by inducing mutations in the virus genome during replication. Most random mutations are likely to be deleterious to the virus, and many will be lethal. Molnupiravir-induced elevated mutation rates have been shown to decrease viral load in animal models. However, it is possible that some patients treated with molnupiravir might not fully clear SARS-CoV-2 infections, with the potential for onward transmission of molnupiravir-mutated viruses. We set out to systematically investigate global sequencing databases for a signature of molnupiravir mutagenesis. We find that a specific class of long phylogenetic branches appear almost exclusively in sequences from 2022, after the introduction of molnupiravir treatment, and in countries and age-groups with widespread usage of the drug. We calculate a mutational spectrum from the AGILE placebo-controlled clinical trial of molnupiravir and show that its signature, with elevated G-to-A and C-to-T rates, largely corresponds to the mutational spectrum seen in these long branches. Our data suggest a signature of molnupiravir mutagenesis can be seen in global sequencing databases, in some cases with onwards transmission.

Информация к размышлению

 Сейчас часто пишут триплдемик итп (тк еще не окончилась ковидная пандемия, но рванули вверх, в нетипичное время даже, по странам, эпидемии РСВ (риносинцитального вируса), да и добавился грипп (который был очень тих  в первые годы пандемии, когда были "суровыми" карантинные меры). Грипп в разы менее заразен чем ковид, конечно, его прижало противоэпидемическими мерами, РСВ-же, заразен весьма. То, что он так " не по сезону" начал косить, включая больше серьезных случаев у детей,  и у детей более старшего возраста, и" как-то резко" пошел вверх, было основанием гипотезы, что - вот  дети-то и взрослые, прятались за противокарантинными мерами,  не тусовались, вирусами не обменивались, "иммунитет не тренировали",  вот и оказались "новичками" для РСВ,  что и показало более тяжелую картину (и симптомов, и эпидемии).
Но, вообще, иммунитет к РСВ вырабатывается, хотя и не оптимальный, но, в приницпе, работает довольно долго, не то что к коронавирусу, потому взрослые им не особо массово или тяжело болеют. А группы риска -это совсем маленькие детки, иммунодефицитные и сильно пожилые люди. При том что сам вирус  довольно зловредный и потентный, большинство юдей все же справляется с ним на уровне ОРЗ.
Однако, у РСВ тоже есть мутации и штаммы, и конечно, может быть так, что  эпидемии и усиление тяжести течения вызваны этим?
У меня вот есть соображение, что "нетипичность" эпидемии РСВ 2022 го (более раннее начало, больше тяжелых случаев и смертей) может быть связано с ковидом- но не с тем, что дети "не обменивались вирусами" или что "столкнулись с новыми штаммами" (к которым имеющийся иммунитет не сильно приспособлен,  и не "в тонусе"). А в том смысле, кто ковид, даже легкий, бьет по иммунитету, и деляет человека (и детей тоже) более уязвимыми к другим вирусам (и прочим инфекциям). Потому и  вышло "раньше и тяжелее".  Возможно, РСВ и раньше был не таким уж выраженно сезонным, просто ловились случаи- в сезон (ведь тестируют в основном когда "ходят инфекции", и чаще всего - у больных в госпитале), но тк он протекал  (из-за иммунитета) на уровне "легком", никто его и  не проверял (как он персистирует в популяции вообще). Но если иммунитет в популяции снизился (допустим, временно),  то станет больше тяжелых случаев, и  они будут выявлены -раньше. Если популяция в целом более уязвима, то эпидемия начнется раньше, не в предполагаемый сезон (вспомним, когда начался "свиной грипп" и как он прекрасно распространялся "не в сезон"). Ковид же, пока несезонный, и в год несколько его волн, каждая из которых может вляить на популяционный иммунитет и восприимчивость к другим микробам. Может, это временное снижение иммунитета, но хорошо бы исследовать, на сколько серьезны изменения иммунитета, как долго длятся и чем они чреваты ( про умеренный и легкий ковид. к которому, в принципе, относят все случаи, не требующие госпитализации).
В эту же тему, свежее исследование из Австралии- они определили, что у них, вспышку РСВ в прошлом году вызвали те же самые лниии РСВ, что были и до эпидемии ковида. К которым то должен быть нормальный иммунитет у всех, кроме тех, кто родился в 2020-21 году. Тк считается, что к 2 годам, парктически все дети уже столкнулисьс РСВ ( тяжелую форму он вызвал примерно у 1-2%. но иммунитет приобрели  большинство).
The respiratory syncytial virus surge in Austria, 2022, was caused by lineages present before the COVID-19 pandemic
In 2022, Austria experienced a severe respiratory syncytial virus (RSV) epidemic with an earlier-than-usual start and increased numbers of paediatric patients in emergency departments. Nationwide multiyear genomic surveillance revealed that the surge was driven by RSV-B, however genotypes consisted of multiple lineages that were circulating prior to the pandemic.
Кстати, есть в придачу данные, что коинфекция при ковиде, или сразу после него, другим респираторным вирусом,  показывает болеее тяжелую картину болезни.
When Covid-19 patients younger than 5 also test positive for another respiratory virus, they tend to become sicker and develop more severe disease, a new study suggests.
Among hospitalized children younger than 5, testing positive for both Covid-19 and another respiratory virus at the same time is associated with about twice the odds of severe respiratory illness than those who tested negative for other viruses, according to the study published Wednesday in the journal Pediatrics.
The study comes amid a harsh season of respiratory viruses, including RSV, flu, Covid-19 and other viruses that overwhelmed children’s hospitals. The findings demonstrate the impact respiratory viruses have on pediatric hospitals and how “continued surveillance” of circulating Covid-19 and other illnesses can help predict future surges in hospitalizations..
he new study included data on 4,372 children who were hospitalized with Covid-19. Among those who were tested for other respiratory viruses, 21% had a codetection, meaning another respiratory virus was also detected in their test results. The data came from the US Centers for Disease Control and Prevention’s Covid-19 hospitalization surveillance network called COVID-NET, with data from across 14 states.
The researchers noted that they focused on codetection, not coinfection, since testing wouldn’t necessarily show that a child was actively infected with both viruses just because they test positive. Overall, “this study found that respiratory virus codetections were rare in the first year of the pandemic, RSV and rhinovirus or enterovirus codetections increased during the Delta-predominant period and influenza codetections were infrequent throughout the first 2 years of the pandemic
“Covid is a very proinflammatory virus, so it really weakens your immune response,” said Mejias. “And when you haven’t recovered yet, and you get a second hit, in this case, RSV or rhinovirus, you develop a more severe disease.”

Хроники войны в Украине, 30-01-2023

День 341
30 января. Только военные факты.
( Read more... )

О порочности системы

Salve Lucrum: The Existential Threat of Greed in US Health Care
Donald M. Berwick, MD, MPP1 
JAMA. Published online January 30, 2023. doi:10.1001/jama.2023.0846
Точка зрения, с которой я во многом согласна, тк имеющаяся система ведет в тупик, и уже в нем, потому и пасет задних среди развитых стран, не смотря на то, что самая дорогая для государства и пациента.

( Read more... )

ngine for excessive private gain.