![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
Entry tags:
Про североамериканских оленей
Так, мысли вслух.
Попалась очередная работа про ковид среди американских белохвостых оленей.
Вот есть теория, что САРС2, как и многие другие коронавирусы (включая сарбеко-), перешел к людям от летучих мышей, перескочив сразу или через посредника, возможно, по дороге скрестившись с панголиновым вирусом. Случилось это где-то в Азии.
Загвоздка только в том, что в Китае, где врачи первыми обнаружили ковид, среди летучих мышей нашли только сравнительно дальних родственников этого САРС2. Чуть ближе родственника нашли у летчих мышек де-то во Вьетнаме, что далековато от Ухани), и среди панголинов -тоже есть некоторая напряженка с подходящими образцами вируса (не смотря на очень похожий АСЕ2 ген)..
Но, продолжают искать.
При этом, в США, еще в первый год эпидемии, отслеживая популяцию диких оленей, исследователи решили проверить их и на ковид (на антитела в крови).
Сюрприз! В зависимости от места (штат, область), в популяции оленей было от 0% до 100% особей, в крови которых были нейтрализующие антитела к коронавиурсу САРС2. То есть уже переболевших ковидом.
Вот октуда бы? Охотники, которые могут быть с ковидом, с оленями не целуются, олени не собираются большими толпами в помещениях, а живут свободно в лесу, где открытый воздух, все такое..
При этом серопозитивность среди олешек оказалась гораздо выше ( в 2-3 раза), чем среди людей в США во время пиков или сразу после волн (пока иммунитет не затух) - чуть более 10%.
В среднем- максимальный средний зарегистрированный % болевших ковидом с популяции США, был весной 2020 года -23% положительных ПЦР среди тестирваовшихся. ПЦР+, это не гарантия, что будет и серопозитивность после болезни, ктсати. Летом 2020го, когда проверяли у оленей- позитивность ПЦРтестов на ковид по стране была 8-9%
Далее озадаченные исследователи стали проверять оленей на сам коронавирус, не только на антитела. И, не сюрприз- оказалось, что прилично оленей (из отловленных) - было с ковидом (положительными ПЦР).
В этой конкретной работе исходили из того, что примерно в 40% оленей переболели ковидом к концу в конце 20 начале - 21 года. Исходя из данных публикации, когда антитела зимой 21 года находили от 0 до 100% особей: в зависимости от мест, откуда была группа оленей, послужившая источниками образцов для тестов.
Положительных ПЦР тестов у оленей, кстати, почти те же самые 40% (летом в 2020- 33%, в конце года-начале 2021 более 80%) .
Это- много. Для сравнения, среди людей % положительных ПЦР даже во время пиков - был (и есть) ниже (в США - 23%, в популяции на пике).
Конечно, оленей не тестируют тысячами, как людей, тем не менее, готова поспорить, что если выйти в город и попросить на улице выборочно у 10 человек взять мазок на корону- наврядли у 4 он будет положителен (чтоб средняя 40%, как у оленей).
Я к тому, что, похоже, в 2020 и далее, с начала эпидемии, заболеваемость оленей ковидом была намного выше, чем у людей.
Например, во второй половине 20 года, в Айове у 33% оленей в лимфоузлах обнаруживалась РНК коронавиурса. В начале 21 года, в Огайо болело ковидом 36% оленей(ПЦР+, мазки). У техасских оленей--серопозитивность была 37% примерно в то же время, а среди выборки молодых людей в Техасе (тот же период времени)- только 6% серопозитивных. После болезни, имеется ввиду- дальше уже сложнее отслеживать, тк в США пошла иммунизация.
Но есть данные, средние по стране, за примерно тот же период (конец 20 начало 21 года), что серопозитивность жителей США после ковида была от 4 до 10%.
То есть у оленей, по сравнению с людьми, и серопозитивность (переболевших), и инфицированность (положительный ПЦР тест) были в разы выше.
Притом, не понятно, как эпидемия могла достичь такого размаха у оленей, за столь короткий период. И вообще, каким образом дикие олени могли подцепить ковид от людей так быстро и повсеместно (названные штаты- только пример).
Понятно, как могут подхватить вирус от людей или друг друга животные в зоопарке (контакт), у которых АСЕ2 похожие на человеческие (крупные кошачьи, обезьяны, гиппопотамы), или кошки (собаки) в доме (близкий контакт с человеком), или даже норки (хорьковые) на ферме (скученность, обязательный контакт друг с другом, не только с человеком).
Но- олени? Разных видов, в разных штатах?
На лицо ковидный зооноз.
С моей точки зрения, это еще вопрос- кто заболел первым, когда и где. Учитывая 40% зараженность тем же самым вирусом североамериканских оленей, и ни одной летучей мышки с тем же самым вирусом, пока не найденной нигде. Даже если предположить кто "китайцы не ищут или скрывают".
Касательно работы.
Ученые проверили, как протекает ковид у оленей.
Легко. Почти бессимптомно. Ринит (он оленей не беспокоил, его наличие определили по образцам тканей носа, показавшим небольшую инфильтрацию слизистых имумнными клетками). Некоторое повышение температуры на 1-2 день после заражения. И все. Не чихали, не кашляли, без одышки, потери аппетита, не худели итд. Передается вирус контактно и по воздуху (проверили в эксперименте).
Пиковые выделеняи вируса были на 5 день после экспериментального заражения, но заразными животные стали уже начиная с 3 дня после инфицирования. Вирус выделяется респираторно (нос, рот- слизь, слюна, дыхание). К 9 дню вирус выделялся уже в небольших количествах, и культуры не заражал. После 6 дня уже не культурировался из носа. Но продолжал выделяться в мазках из носа и рта - до 22 дня. Ректальные мазки были менее показательными, там было меньше вируса, и положительные чередовались с отрицательными- так что авторы думают, что это врядли способ (фекально-оральный) распространения среди оленей .
У оленей коронавирус способен размножаться в респираторной системе, включая легкие, в лимфоидных тканях, сосредоточенных рядом с респираторной системой, и в нервной ткани. В ЖКТ-тканях- не обнаружено. Из 24 образцов тканей, вирус подвтержден в 17, начиная со 2-5 дня. Характерно, что в обонятельных тканях носа, и в мозгу- уже со 2 дня после инфекции.
То что вирус в тканях размножался (включая в лимофузлах), подтверждено обнаружением обратной вирусной РНК внутри клеток, и заражением культур выделенным из тканей вирусом.
Количество вируса в тканях постепенно снижалось к 21 дню, дольше всех держалось в лимфоузлах. Правда, дольше 20 дней то и не проверяли. Но на 21 день, я так понимаю, у последних опытных, в тканях было "чисто" ( тут не совсем четко- клетки в зародышевых центрах лимофзулов были позитивные на коронавирус, на низком или среднем уровнях, но заразный вирус их них (уже) не выделялся).
У контроля, разумеется. было все "чисто" (и по вирусам, и по антителам).
Содержание вирусной РНК в исследованных тканях было высоким (несколько миллионов копий на мл). Вирус у оленей не особо мутировал (что обнаружилось при сравнении полного генома того вируса, который инокулировали, и геномов выделенных вирусов в разные дни после инфекции, у всех зараженных оленей)
Антитела к коронавирусу обнаружились в крови оленей через 21 день после инфицирования (или контакта с больными оленями)
Это, разумеется, и его потенциал размноженияв тканях и у людей. Потому что этих оленей заражали человеческим изолятом (a human SARS-CoV-2 isolate NYI67-20 of the B1 lineage).
Думаю, хорошо было б как то проверить оленей в других регионах планеты, а и если бы были образцы от оленей за прошлые годы? В одной работе вроде бы нашли антитела у американских оленей в 2019 году, но не было в образцах с 2011 до 2018.
Notably, white-tailed deer (WTD, Odocoileus virginianus ) the most widely distributed cervid species in the Americas was shown to be highly susceptible to SARS-CoV-2 with reported natural infection rates approaching 40% in wild WTD populations in the U.S. Thus, understanding the infection and transmission dynamics of SARS-CoV-2 in WTD is critical to prevent future zoonotic transmission to humans and for implementation of effective disease control measures. Here, we demonstrated that following intranasal inoculation with SARS-CoV-2, deer fawns shed infectious virus up to day 5 post-inoculation (pi), with high viral loads shed in nasal and oral secretions. This resulted in efficient deer-to-deer transmission on day 3 pi. Consistent with lack of infectious SARS-CoV-2 shedding after day 5 pi, no transmission was observed to contact animals added on days 6 and 9 pi. We have also investigated the tropism and sites of SARS-CoV-2 replication in WTD. Active virus replication was observed in respiratory-, lymphoid-, and central nervous system tissues, indicating broad tissue tropism and multiple target sites of virus replication during acute infection.
Попалась очередная работа про ковид среди американских белохвостых оленей.
Вот есть теория, что САРС2, как и многие другие коронавирусы (включая сарбеко-), перешел к людям от летучих мышей, перескочив сразу или через посредника, возможно, по дороге скрестившись с панголиновым вирусом. Случилось это где-то в Азии.
Загвоздка только в том, что в Китае, где врачи первыми обнаружили ковид, среди летучих мышей нашли только сравнительно дальних родственников этого САРС2. Чуть ближе родственника нашли у летчих мышек де-то во Вьетнаме, что далековато от Ухани), и среди панголинов -тоже есть некоторая напряженка с подходящими образцами вируса (не смотря на очень похожий АСЕ2 ген)..
Но, продолжают искать.
При этом, в США, еще в первый год эпидемии, отслеживая популяцию диких оленей, исследователи решили проверить их и на ковид (на антитела в крови).
Сюрприз! В зависимости от места (штат, область), в популяции оленей было от 0% до 100% особей, в крови которых были нейтрализующие антитела к коронавиурсу САРС2. То есть уже переболевших ковидом.
Вот октуда бы? Охотники, которые могут быть с ковидом, с оленями не целуются, олени не собираются большими толпами в помещениях, а живут свободно в лесу, где открытый воздух, все такое..
При этом серопозитивность среди олешек оказалась гораздо выше ( в 2-3 раза), чем среди людей в США во время пиков или сразу после волн (пока иммунитет не затух) - чуть более 10%.
В среднем- максимальный средний зарегистрированный % болевших ковидом с популяции США, был весной 2020 года -23% положительных ПЦР среди тестирваовшихся. ПЦР+, это не гарантия, что будет и серопозитивность после болезни, ктсати. Летом 2020го, когда проверяли у оленей- позитивность ПЦРтестов на ковид по стране была 8-9%
Далее озадаченные исследователи стали проверять оленей на сам коронавирус, не только на антитела. И, не сюрприз- оказалось, что прилично оленей (из отловленных) - было с ковидом (положительными ПЦР).
В этой конкретной работе исходили из того, что примерно в 40% оленей переболели ковидом к концу в конце 20 начале - 21 года. Исходя из данных публикации, когда антитела зимой 21 года находили от 0 до 100% особей: в зависимости от мест, откуда была группа оленей, послужившая источниками образцов для тестов.
Положительных ПЦР тестов у оленей, кстати, почти те же самые 40% (летом в 2020- 33%, в конце года-начале 2021 более 80%) .
Это- много. Для сравнения, среди людей % положительных ПЦР даже во время пиков - был (и есть) ниже (в США - 23%, в популяции на пике).
Конечно, оленей не тестируют тысячами, как людей, тем не менее, готова поспорить, что если выйти в город и попросить на улице выборочно у 10 человек взять мазок на корону- наврядли у 4 он будет положителен (чтоб средняя 40%, как у оленей).
Я к тому, что, похоже, в 2020 и далее, с начала эпидемии, заболеваемость оленей ковидом была намного выше, чем у людей.
Например, во второй половине 20 года, в Айове у 33% оленей в лимфоузлах обнаруживалась РНК коронавиурса. В начале 21 года, в Огайо болело ковидом 36% оленей(ПЦР+, мазки). У техасских оленей--серопозитивность была 37% примерно в то же время, а среди выборки молодых людей в Техасе (тот же период времени)- только 6% серопозитивных. После болезни, имеется ввиду- дальше уже сложнее отслеживать, тк в США пошла иммунизация.
Но есть данные, средние по стране, за примерно тот же период (конец 20 начало 21 года), что серопозитивность жителей США после ковида была от 4 до 10%.
То есть у оленей, по сравнению с людьми, и серопозитивность (переболевших), и инфицированность (положительный ПЦР тест) были в разы выше.
Притом, не понятно, как эпидемия могла достичь такого размаха у оленей, за столь короткий период. И вообще, каким образом дикие олени могли подцепить ковид от людей так быстро и повсеместно (названные штаты- только пример).
Понятно, как могут подхватить вирус от людей или друг друга животные в зоопарке (контакт), у которых АСЕ2 похожие на человеческие (крупные кошачьи, обезьяны, гиппопотамы), или кошки (собаки) в доме (близкий контакт с человеком), или даже норки (хорьковые) на ферме (скученность, обязательный контакт друг с другом, не только с человеком).
Но- олени? Разных видов, в разных штатах?
На лицо ковидный зооноз.
С моей точки зрения, это еще вопрос- кто заболел первым, когда и где. Учитывая 40% зараженность тем же самым вирусом североамериканских оленей, и ни одной летучей мышки с тем же самым вирусом, пока не найденной нигде. Даже если предположить кто "китайцы не ищут или скрывают".
Касательно работы.
Ученые проверили, как протекает ковид у оленей.
Легко. Почти бессимптомно. Ринит (он оленей не беспокоил, его наличие определили по образцам тканей носа, показавшим небольшую инфильтрацию слизистых имумнными клетками). Некоторое повышение температуры на 1-2 день после заражения. И все. Не чихали, не кашляли, без одышки, потери аппетита, не худели итд. Передается вирус контактно и по воздуху (проверили в эксперименте).
Пиковые выделеняи вируса были на 5 день после экспериментального заражения, но заразными животные стали уже начиная с 3 дня после инфицирования. Вирус выделяется респираторно (нос, рот- слизь, слюна, дыхание). К 9 дню вирус выделялся уже в небольших количествах, и культуры не заражал. После 6 дня уже не культурировался из носа. Но продолжал выделяться в мазках из носа и рта - до 22 дня. Ректальные мазки были менее показательными, там было меньше вируса, и положительные чередовались с отрицательными- так что авторы думают, что это врядли способ (фекально-оральный) распространения среди оленей .
У оленей коронавирус способен размножаться в респираторной системе, включая легкие, в лимфоидных тканях, сосредоточенных рядом с респираторной системой, и в нервной ткани. В ЖКТ-тканях- не обнаружено. Из 24 образцов тканей, вирус подвтержден в 17, начиная со 2-5 дня. Характерно, что в обонятельных тканях носа, и в мозгу- уже со 2 дня после инфекции.
То что вирус в тканях размножался (включая в лимофузлах), подтверждено обнаружением обратной вирусной РНК внутри клеток, и заражением культур выделенным из тканей вирусом.
Количество вируса в тканях постепенно снижалось к 21 дню, дольше всех держалось в лимфоузлах. Правда, дольше 20 дней то и не проверяли. Но на 21 день, я так понимаю, у последних опытных, в тканях было "чисто" ( тут не совсем четко- клетки в зародышевых центрах лимофзулов были позитивные на коронавирус, на низком или среднем уровнях, но заразный вирус их них (уже) не выделялся).
У контроля, разумеется. было все "чисто" (и по вирусам, и по антителам).
Содержание вирусной РНК в исследованных тканях было высоким (несколько миллионов копий на мл). Вирус у оленей не особо мутировал (что обнаружилось при сравнении полного генома того вируса, который инокулировали, и геномов выделенных вирусов в разные дни после инфекции, у всех зараженных оленей)
Антитела к коронавирусу обнаружились в крови оленей через 21 день после инфицирования (или контакта с больными оленями)
Это, разумеется, и его потенциал размноженияв тканях и у людей. Потому что этих оленей заражали человеческим изолятом (a human SARS-CoV-2 isolate NYI67-20 of the B1 lineage).
Думаю, хорошо было б как то проверить оленей в других регионах планеты, а и если бы были образцы от оленей за прошлые годы? В одной работе вроде бы нашли антитела у американских оленей в 2019 году, но не было в образцах с 2011 до 2018.
Notably, white-tailed deer (WTD, Odocoileus virginianus ) the most widely distributed cervid species in the Americas was shown to be highly susceptible to SARS-CoV-2 with reported natural infection rates approaching 40% in wild WTD populations in the U.S. Thus, understanding the infection and transmission dynamics of SARS-CoV-2 in WTD is critical to prevent future zoonotic transmission to humans and for implementation of effective disease control measures. Here, we demonstrated that following intranasal inoculation with SARS-CoV-2, deer fawns shed infectious virus up to day 5 post-inoculation (pi), with high viral loads shed in nasal and oral secretions. This resulted in efficient deer-to-deer transmission on day 3 pi. Consistent with lack of infectious SARS-CoV-2 shedding after day 5 pi, no transmission was observed to contact animals added on days 6 and 9 pi. We have also investigated the tropism and sites of SARS-CoV-2 replication in WTD. Active virus replication was observed in respiratory-, lymphoid-, and central nervous system tissues, indicating broad tissue tropism and multiple target sites of virus replication during acute infection.